Toto pokračování volného seriálu o superpočítačových centrech vysokých škol České republiky je věnováno aplikačnímu programovému vybavení, které bylo pořízeno v rámci pilotního projektu. Rada projektu při úvahách o vybavení budovaných center vycházela z předpokladu, že toto vybavení nemůže být úplné, nebudou-li k dispozici i rozsáhlé systémy aplikačních programů. Většina potenciálních uživatelů budovaných center nebude mít zájem na vývoji vlastních programů - a tedy využití vývojových prostředků poskytnutých firmou Silicon Graphics - a bude chtít využívat existující (komerční) programové vybavení.
Zhruba 20% všech přidělených prostředků, což představuje cca 5,5 milionu korun, bylo proto věnováno na nákup aplikačních programů. Omezený čas, který rada projektu měla po výběru dodavatele počítačů k dispozici, spolu s omezenými finančními prostředky vedl k rozhodnutí zaměřit se při výběru pouze na následující čtyři kategorie:
Výběr v rámci jednotlivých kategorií prováděly již menší skupiny pověřené touto činností radou pilotního projektu. Mezi základní požadavky na každý uvažovaný systém patřila především existence dostatečně široké základny potenciálních uživatelů. Záruka za využití každého programu pak leží v rukou garanta, který rovněž spoluodpovídá za instalaci a zprovoznění systému.
V jednotlivých výše uvedených kategoriích byly vybrány a zakoupeny následující systémy:
Základem souboru modulů firmy BIOSYM jsou dvě pětileté licence na programy Discover, které budou instalovány na počítačích POWER Challenge na ÚVT UK v Praze a ÚVT MU v Brně, a dále dvouletá licence na program Turbomole, instalovaný na ÚVT MU v Brně. Program Discover je určen pro výpočty metodami molekulární mechaniky a dynamiky, využívá silová pole různé přesnosti: CFF91, CVFF, ESFF a Amber. Program Turbomole je určen pro ab-initio výpočty. Používá přímé i nepřímé metody úrovně SCF a MP2. Představuje tak určitou konkurenci (případně doplněk) klasickému ab-initio programu Gaussian'92, který byl z finančních důvodů zakoupen pouze na ÚVT UK. Přestože lze tyto programy používat samostatně, skutečná kvalita produktů firmy BIOSYM se projeví teprve v kombinaci s uživatelským rozhraním. Bylo proto zakoupeno několik licencí na soubor modulů, který se skládá z programů Insight II, Biopolymer, Analysis a Sketcher. Na Masarykovu univerzitu byly zakoupeny dvě node-locked licence (jsou určeny na konkrétní stanice) a jedna plovoucí licence (může být spuštěna z kteréhokoliv počítače v síti, která má přístup k licenčnímu serveru). Obě node-locked licence budou instalovány na Přírodovědecké fakultě MU, plovoucí licence bude instalována na ÚVT MU a tak zpřístupněna všem potenciálním zájemcům z MU. Kromě toho byla na ÚVT MU zakoupena jedna licence modulu Catalysis, který umožňuje kombinovat molekulárně mechanické (programem Discover) a ab-initio výpočty (programem Turbomole) jednoho studovaného systému. Zároveň byly zakoupeny programy Insight Axxess, které umožní přístup ke grafickému rozhraní i z běžných X terminálů, nikoliv pouze z grafických stanic SGI. Masarykova univerzita bude mít instalovány dva tyto programy, jeden na PřF, druhý na ÚVT.
Byla zakoupena dvojitá site licence programu SPARTAN na MU: jedna pokrývá chemické katedry Přírodovědecké fakulty, druhá pak ÚVT. Program SPARTAN, který představuje určitou alternativu programovému souboru BIOSYM, je rovněž běžně používán jako grafické rozhraní k programu Gaussian'92.
Odborným garantem jak souboru BIOSYM, tak program SPARTAN je doc. Jaroslav Koča z Přírodovědecké fakulty.
Ostatní aplikační programy budou instalovány na počítačích v Praze nebo VUT Brno, především v souladu se zaměřením jednotlivých škol či osobami odborných garantů. V souladu se zaměřením pilotního projektu však zaměstnanci a studenti MU budou mít přístup i k těmto programům.
V současné době jsou jednotlivé počítače POWER Challenge instalovány v příslušných centrech a je na nich instalováno kompletní operační i vývojové prostředí firmy SGI (Varsity package, prezentovaná v předchozím čísle Zpravodaje). Lze předpokládat, že instalace aplikačních programů bude ukončena nejpozději do konce měsíce ledna (pokud nedojde k neplánovanému zdržení dodávky). Současně budou instalovány i další aplikační programy (včetně public domain) podle možností centra a potřeb koncových uživatelů.
Ve čtvrtek 26. ledna 1995 proběhl v aule v areálu rektorátu VUT seminář ke slavnostnímu zahájení provozu superpočítačových center vysokých škol. Součástí semináře byla i podrobnější informace o jednotlivých zakoupených programech a rovněž informace o podmínkách provozu.
předchozí číslo
