Project information
Automatizovaná analýza elektronmikroskopických snímků pro použití v biologii a medicíně
(Analýza TEM snímků)
- Project Identification
- MUNI/M/1050/2013
- Project Period
- 3/2014 - 12/2016
- Investor / Pogramme / Project type
-
Masaryk University
- Grant Agency of Masaryk University
- INTERDISCIPLINARY - Interdisciplinary research projects
- MU Faculty or unit
- Faculty of Informatics
- Other MU Faculty/Unit
-
Faculty of Medicine
- Ing. Josef Jaroš, Ph.D.
- Ing. Ladislav Ilkovics
- Mgr. Hana Kotasová, Ph.D.
- Other MU Faculty/Unit
- Faculty of Science
Centrum analýzy biomedicínského obrazu Fakulty informatiky má bohaté zkušenosti s automatizovanou analýzou biomedicínských obrazů včetně vývoje nových algoritmů. Ústav experimentální biologie Přírodovědecké fakulty a Ústav histologie a embryologie Lékařské fakulty potřebují ke svému výzkumu analyzovat obrazy z transmisní elektronové mikroskopie (TEM) v rozsahu, který není dostupnými postupy možný. Cílem projektu je vytvořit softwarové nástroje, které umožní tyto limity překonat a posunout možnosti analýzy TEM obrazů dále. Funkčnost a použitelnost nově vyvinutých softwarových nástrojů bude ověřena a demonstrována na dvou různých biologických aplikacích: (1) kategorizaci exosomů a mikrovezikul podle jednotlivých typů, s motivací najít souvislost mezi typem exosomů a mikrovezikulů u pacientů s nádorovým nebo degenerativním onemocněním (2) sledování změn morfologie endoplazmatického retikula, jehož hodnocení by mělo mít prediktivní charakter pro fyziologickou kondici rozdílných buněčných populací. Výsledkem projektu budou nejen softwarové nástroje a nové algoritmy pro analýzu TEM obrazů, ale očekáváme i důležité biologické závěry, které bude možné díky novým informatickým postupům učinit.
Publications
Total number of publications: 9
2019
-
TEM ExosomeAnalyzer: a computer-assisted software tool for quantitative evaluation of extracellular vesicles in transmission electron microscopy images
Journal of Extracellular Vesicles, year: 2019, volume: 8, edition: 1, DOI
2017
-
Revealing 3D Ultrastructure and Morphology of Stem Cell Spheroids by Electron Microscopy
3D Cell Culture : Methods and Protocols, edition: Vyd. 1st. ed., year: 2017, number of pages: 15 s.
2016
-
Automatic Detection and Segmentation of Exosomes in Transmission Electron Microscopy
Computer Vision -- ECCV 2016 Workshops: Amsterdam, The Netherlands, October 8-10 and 15-16, 2016, Proceedings, Part I, year: 2016
-
Dishevelled is a NEK2 kinase substrate controlling dynamics of centrosomal linker proteins
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, year: 2016, volume: 113, edition: 33, DOI
-
The role of the endoplasmic reticulum stress in stemness, pluripotency and development
European Journal of Cell Biology, year: 2016, volume: 95, edition: 3-5, DOI
2015
-
Role of TUSC3 gene in ovarian cancer cells
Year: 2015, type: Conference abstract
-
Simplified protocol for flow cytometry analysis of fluorescently labeled exosomes and microvesicles using dedicated flow cytometer
Journal of Extracellular Vesicles, year: 2015, volume: 4, edition: 25530, DOI
-
Tumor suppressor candidate 3 (TUSC3) prevents the epithelialto- mesenchymal transition and inhibits tumor growth by modulating the endoplasmic reticulum stress response in ovarian cancer cells
International Journal of Cancer, year: 2015, volume: 137, edition: 6, DOI
-
TUSC3 loss enhances ovarian cancer malignancy by promoting the ER stress response
Year: 2015, type: Conference abstract