Project information
Studium genomů patogenních treponem na základě analýzy jednotlivých buněk

Information

This project doesn't include Institute of Computer Science. It includes Faculty of Medicine. Official project website can be found on muni.cz.

Project Identification

GA17-25455S

Project Period

1/2017 - 12/2019

Investor / Pogramme / Project type

Czech Science Foundation

Standard Projects

MU Faculty or unit

Faculty of Medicine

Rod Treponema zahrnuje řadu lidských a zvířecích patogenních druhů a poddruhů, které způsobují syfilis (T. pallidum ssp. pallidum), yaws (T. pallidum ssp. pertenue), endemickou syfilis (T. pallidum ssp. endemicum) a pintu (T. carateum). Základním záměrem projektu je vývoj technik založených na analýze jednotlivých buněk pro získání celogenomových sekvencí patogenních treponem. Vzhledem k vlastnostem genomů treponem plánujeme získat vysoce kvalitní celogenomové sekvence včetně sekvencí paralogních a repetitivních oblastí. Genomové sekvence pomohou v objasnění treponemální virulence, adaptace na prostředí hostitelského organismu a také jejich evoluce. Specifické cíle projektu zahrnují vývoj technik založených na analýze jednotlivých buněk, genomové sekvenování přímo z klinického materiálu a analýzu genomů získaných z jednotlivých buněk s ohledem na přítomnost geneticky variabilních míst v populaci treponem. Plánujeme vyšetřit více než 30 treponemálních genomů a 30 genomů získaných z individuálních treponemálních buněk.

Publications

Total number of publications: 20

2022

Evolutionary Processes in the Emergence and Recent Spread of the Syphilis Agent, Treponema pallidum

PLA-DIAZ Marta SANCHEZ-BUSO Leonor GIACANI Lorenzo ŠMAJS David BOSSHARD Philipp P BAGHERI Homayoun C SCHUENEMANN Verena J NIESELT Kay ARORA Natasha GONZALEZ-CANDELAS Fernando

Article in Periodical

Molecular Biology and Evolution, year: 2022, volume: 39, edition: 1, DOI
Whole genome sequences of Treponema pallidum subsp. endemicum isolated from Cuban patients: The non-clonal character of isolates suggests a persistent human infection rather than a single outbreak

VRBOVÁ Eliška NODA Angel A GRILLOVÁ Linda RODRIGUEZ Islay FORSYTH Allyn OPPELT Jan ŠMAJS David

Article in Periodical

PLoS neglected tropical diseases, year: 2022, volume: 16, edition: 6, DOI

2021

Analysis of Treponema pallidum Strains From China Using Improved Methods for Whole-Genome Sequencing From Primary Syphilis Chancres

CHEN W. T. ŠMAJS David HU Y. F. KE W. J. POSPÍŠILOVÁ Petra HAWLEY K. L. CAIMANO M. J. RADOLF J. D. SENA A. TUCKER J. D. YANG B. JULIANO J. J. ZHENG H. P. PARR J. B.

Article in Periodical

The Journal of Infectious Diseases, year: 2021, volume: 223, edition: 5, DOI

2020

Whole genome sequence of the Treponema pallidum subsp. endemicum strain Iraq B: A subpopulation of bejel treponemes contains full-length tprF and tprG genes similar to those present in T. p. subsp. pertenue strains

MIKALOVÁ Lenka JANEČKOVÁ Klára NOVÁKOVÁ Markéta STROUHAL Michal ČEJKOVÁ Darina HARPER K. N. ŠMAJS David

Article in Periodical

Plos One, year: 2020, volume: 15, edition: 4, DOI

2019

Directly Sequenced Genomes of Contemporary Strains of Syphilis Reveal Recombination-Driven Diversity in Genes Encoding Predicted Surface-Exposed Antigens

GRILLOVÁ Linda OPPELT Jan MIKALOVÁ Lenka NOVÁKOVÁ Markéta GIACANI LLorenzo NIESNEROVÁ Anežka NODA Angel A. MECHALY Ariel E. POSPÍŠILOVÁ Petra CEJKOVA Darina GRANGE Philippe A. DUPIN Nicolas STRNADEL Radim CHEN Marcus DENHAM Ian ARORA Natasha PICARDEAU Mathieu WESTON Christopher FORSYTH R. Allyn ŠMAJS David

Article in Periodical

Frontiers in Microbiology, year: 2019, volume: 10, edition: JUL 31 2019, DOI
Identification of positively selected genes in human pathogenic treponemes: Syphilis-, yaws-, and bejel-causing strains differ in sets of genes showing adaptive evolution

MADERANKOVA Denisa MIKALOVÁ Lenka STROUHAL Michal VADJAK Simon KUKLOVA Ivana POSPÍŠILOVÁ Petra KRBKOVÁ Lenka KOSCOVA Pavlina PROVAZNIK Ivo ŠMAJS David

Article in Periodical

PLoS neglected tropical diseases, year: 2019, volume: 13, edition: 6, DOI
MLST typing of Treponema pallidum subsp. pallidum in the Czech Republic during 2004-2017: Clinical isolates belonged to 25 allelic profiles and harbored 8 novel allelic variants

VRBOVÁ Eliška GRILLOVÁ Linda MIKALOVÁ Lenka POSPÍŠILOVÁ Petra STRNADEL Radim DASTYCHOVÁ Eliška KOJANOVA Martina KREIDLOVA Miluse VANOUSOVA Daniela ROB Filip PROCHAZKA Premysl KRCHŇÁKOVÁ Alena VAŠKŮ Vladimír WOZNICOVÁ Vladana DVOŘÁKOVÁ HEROLDOVÁ Monika KUKLOVA Ivana ZAKOUCKA Hana ŠMAJS David

Article in Periodical

Plos one, year: 2019, volume: 14, edition: 5, DOI
Multilocus Sequence Typing of Treponema pallidum subsp. pallidum in Cuba From 2012 to 2017

GRILLOVÁ Linda NODA Angel A. LIENHARD Reto BLANCO Orestes RODRIGUEZ Islay ŠMAJS David

Article in Periodical

The Journal of Infectious Diseases, year: 2019, volume: 219, edition: 7, DOI
Strain diversity of Treponema pallidum subsp. pertenue suggests rare interspecies transmission in African nonhuman primates

CHUMA Idrissa S. ROOS Christian ATICKEM Anagaw BOHM Torsten COLLINS D. Anthony GRILLOVÁ Linda HALLMAIER-WACKER Luisa K. KAZWALA Rudovick R. KEYYU Julius D. LUERT Simone MALOUEKI Ulrich OPPELT Jan PETRZELKOVA Klara J. PIEL Alexander STEWART Fiona A. ŠMAJS David KNAUF Sascha

Article in Periodical

Scientific reports, year: 2019, volume: 9, edition: OCT 2 2019, DOI

2018

Bejel in Cuba: molecular identification of Treponema pallidum subsp endemicum in patients diagnosed with venereal syphilis

NODA A.A. GRILLOVÁ Linda LIENHARD R. BLANCO O. RODRIGUEZ I. ŠMAJS David

Article in Periodical

Clinical Microbiology and Infection, year: 2018, volume: 24, edition: 11, DOI