Globální analýza NF-κB proteinových komplexů v modelu luminálních A nádorů prsu pomocí SEC-LC-MS/MS
| Title in English | Global analysis of NF-?B protein complexes in luminal A breast cancer model using SEC-LC-MS/MS |
|---|---|
| Authors | |
| Year of publication | 2019 |
| Type | Conference abstract |
| MU Faculty or unit | |
| Citation | |
| Description | Rodina transkripčních faktorů NF-?B hraje zásadní úlohu při regulaci imunitní odpovědi, angiogeneze, proliferace a buněčné smrti. V naší předchozí práci jsme identifikovali panel proteinů NF-?B dráhy související s metastazováním do lymfatických uzlin u luminálních A nádorů prsu [1]. Inhibice NF-?B tak hypoteticky představuje anti-metastatický terapeutický přístup pro tuto skupinu nádorů. Členové NF-?B dráhy formují homo- či heterodimerní komplexy, které jsou modulovány v závislosti na stavu aktivace NF-?B dráhy. Analýza celkového interaktomu v odpovědi na modulaci NF-?B dráhy ve vhodném buněčném modelu tak představuje zcela nový přístup k detailnímu objasnění úlohy NF-?B komplexů ve vztahu k metastazování. Pro analýzu složení proteinových komplexů NF-kB dráhy jsme adaptovali techniku založenou na kombinaci gelové permeační chromatografie proteinů (SEC) nativně izolovaných z nádorové buněčné linie MCF-7, jejich proteolytickém štěpení a LC-MS/MS analýze peptidů na hmotnostním spektrometru Impact II (Bruker) ([2] s modifikacemi). Pomocí software MaxQuant bylo ve 34 proteinových frakcích identifikováno 4762 proteinových skupin reprezentovaných 38983 peptidy (FDR=0.01). Relativní kvantifikace metodou „spectral counting“ ukázala přítomnost řady proteinů NF-?B komplexů ve frakcích odpovídajících molekulovým hmotnostem >600 kDa, což ukazuje na jejich úspěšnou identifikaci v nativních proteinových komplexech. Jedná se o proteiny kanonické NF-?B dráhy - centrální transkripční regulátor NF-?B dráhy p65/RELA, protoonkogen c-Rel, NF-?B faktor p105 a jeho aktivní formu p50, dále přirozené NF-?B inhibitory IkB-beta a IkB-epsilon a dále o protein nekanonické NF-?B dráhy p100 a jeho aktivní formu p52. Mapování NF-?B komplexů v globálním kontextu interaktomu a pochopení perturbací NF-?B komplexů v odpovědi na biologické stimuly umožní odhalit nové funkční vztahy NF-?B faktorů, které povedou k objasnění a lepšímu pochopení prometastatických dějů řízených NF-?B dráhou u luminálních A nádorů prsu. Reference: [1] Bouchal, P. et al., Mol Cell Proteomics, 2015, 14(7):1814-30. [2] Kristensen, A.R. et al.,Nat Methods, 2012, 9(9):907-9. |
| Related projects: |