doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D.

Životopis

Identifikace osoby

• doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D., narozen 30.7.1982 v Hodoníně

Pracoviště

• Výzkumná skupina Jiřího Filipoviče
  Ústav výpočetní techniky
  Masarykova univerzita v Brně
  Botanická 68a, 602 00 Brno, CZ
  email: fila@ics.muni.cz
  

Funkce na pracovišti

• Vedoucí výzkumné skupiny

Vzdělání a akademická kvalifikace

• 2024 - doc., obor informatika, Fakulta informatiky
• 2013 - Ph.D., obor informatika, Fakulta informatiky
• 2011 - RNDr., obor aplikovaná informatika, Fakulta informatiky
• 2008 - Mgr., obor aplikovaná informatika, Fakulta informatiky
• 2006 - Bc., obor aplikovaná informatika, Fakulta informatiky Masarykovy univerzity

Přehled zaměstnání

• 2016 - dosud; výzkumný a vývojový pracovník, ÚVT MU
• 2016 - 2017; výzkumný a vývojový pracovník, University of Vienna
• 2013 - 2016; postdoc, FI MU
• 2008 - 2013; PhD student, FI MU
• 2006 - 2013; řešitel výzkumného záměru CESNET z.s.p.o. (řešitel projektu EMI, skupina JRA1)
• 2010 - 2011; manažer aktivity pro spolupráci s průmyslem, FI MU
• 2006 - 2011; odborný pracovník, Národní centrum pro výzkum biomolekul, později CEITEC (výzkum v oblasti haptické simulace dokování molekul)
• 2001 - 2004; OSVČ, obor podnikání: vývoj software a reklamní činnost

Pedagogická činnost

• High Performance Computing (University of Vienna)
• PV197 GPU Programming: přednášející
• IA039 Architektura superpočítačů a intenzivní výpočty: náhradní přednášející
• IB001 Úvod do programování: cvičící
• IB002 Návrh algoritmů I: cvičící

Projekty

• CERIT Scientific Cloud
• GA MU Pushing the limits in automated NMR structure determination using a single 4D NOESY spectrum and machine learning methods
• CERIT Scientific Cloud
• EMI (European Middleware Initiative)
• EGEE III (Enabling Grids for E-sciencE, hlavní řešitel CERN)
• EGEE II (Enabling Grids for E-sciencE, hlavní řešitel CERN)
• METACentrum (budování českého národního gridu, aktivita sdružení CESNET)
• GD102/09/H042 Matematické a inženýrské metody pro vývoj spolehlivých a bezpečných paralelních a distribuovaných počítačových systémů
• OP Vpk Platforma výzkumné a vzdělávací spolupráce FI MU v oblasti zpracování dat
• Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím, MSM0021622413
• Haptická interakce s deformovatelnými tělesy (Program rektora, řešitel)

Akademické stáže

• Research Group Scientific Computing, University of Vienna (3 měsíce)

Mimouniverzitní aktivity

• Game Developers Session
  - organizace konference a přednášky na ročnících 2003 - 2008
• PHYSICON
  - vývoj knihovny pro simulaci dynamiky rigidních těles
• ČeskéHry.cz
  - server sdružující a podporující komunitu herních vývojářů, spoluzakladatel, člen admins
• Monarchia
  - vývoj klienta masivně multiplayerové hry (vývoj zastaven v release-candidate verzi)
• Trabi II
  - vývoj shareware hry (vydána v Q2 2001)

Ocenění vědeckou komunitou

• Cena prorektorky za excelentní výsledky v doktorském studiu, 2023
• MUNI Scientist, 2021
• Ocenění děkana za vynikající dizertační práci, 2013
• Cena Josepha Fouriera za výzkum v oboru počítačových věd, 2012, 1. místo

Vybrané publikace

• OĽHA, Jaroslav, Jana HOZZOVÁ, Matej ANTOL a Jiří FILIPOVIČ. Estimating resource budgets to ensure autotuning efficiency. PARALLEL COMPUTING. NETHERLANDS: ELSEVIER, 2025, roč. 123, March, s. 1-15. ISSN 0167-8191. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.parco.2025.103126. URL info
• FLORIS-JAN, Willemsen, Richard SCHOONHOVEN, Jiří FILIPOVIČ, Jacob O. TØRRING, Rob van NIEUWPOORT a Ben van WERKHOVEN. A methodology for comparing optimization algorithms for auto-tuning. Future Generation Computer Systems. Amsterdam, The Netherlands: Elsevier Science, 2024, roč. 159, October 2024, s. 489-504. ISSN 0167-739X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.future.2024.05.021. URL info
• HARUTYUNYAN, Suren, Eduardo CÉSAR, Anna SIKORA, Jiří FILIPOVIČ, Akash DUTTA, Ali JANNESARI a Jordi ALCARAZ. Efficient Code Region Characterization Through Automatic Performance Counters Reduction Using Machine Learning Techniques. Online. In Carretero, J; Shende, S; Garcia-Blas, J; Brandic I; Olcoz, K ; Schreiber, M. European Conference on Parallel Processing. Madrid, Spain: Springer Nature Switzerland, 2024, s. 18-32. ISBN 978-3-031-69576-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-69577-3_2. URL info
• HERREROS, David, Roy R. LEDERMAN, James M. KRIEGER, Amaya JIMÉNEZ-MORENO, Marta MARTÍNEZ, David MYŠKA, David STŘELÁK, Jiří FILIPOVIČ, Carlos O. S. SORZANO a José M. CARAZO. Estimating conformational landscapes from Cryo-EM particles by 3D Zernike polynomials. Nature Communications. 2023, roč. 14, č. 1, s. 1-10. ISSN 2041-1723. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41467-023-35791-y. URL info
• PETROVIČ, Filip a Jiří FILIPOVIČ. Kernel Tuning Toolkit. SoftwareX. Elsevier, 2023, roč. 22, neuveden, s. 1-6. ISSN 2352-7110. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.softx.2023.101385. URL info
• STŘELÁK, David, David MYŠKA, Filip PETROVIČ, Jan POLÁK, Jaroslav OĽHA a Jiří FILIPOVIČ. Umpalumpa: a framework for efficient execution of complex image processing workloads on heterogeneous nodes. Computing. Springer, 2023, roč. 105, č. 11, s. 2389-2417. ISSN 0010-485X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s00607-023-01190-w. URL info
• FILIPOVIČ, Jiří, Jana HOZZOVÁ, Amin NEZARAT, Jaroslav OĽHA a Filip PETROVIČ. Using hardware performance counters to speed up autotuning convergence on GPUs. Journal of Parallel and Distributed Computing. Elsevier, 2022, roč. 160, February, s. 16-35. ISSN 0743-7315. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.jpdc.2021.10.003. URL info
• FILIPOVIČ, Jiří, Ondřej VÁVRA, Jan PLHÁK, David BEDNÁŘ, Sérgio Manuel MARQUES, Jan BREZOVSKÝ, Luděk MATYSKA a Jiří DAMBORSKÝ. CaverDock: A Novel Method for the Fast Analysis of Ligand Transport. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. Los Alamitos: IEEE Computer Society, 2020, roč. 17, č. 5, s. 1625-1638. ISSN 1545-5963. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/TCBB.2019.2907492. URL info
• PETROVIČ, Filip, David STŘELÁK, Jana HOZZOVÁ, Jaroslav OĽHA, Richard TREMBECKÝ, Siegfried BENKNER a Jiří FILIPOVIČ. A benchmark set of highly-efficient CUDA and OpenCL kernels and its dynamic autotuning with Kernel Tuning Toolkit. Future Generation Computer Systems. Elsevier, 2020, roč. 108, July, s. 161-177. ISSN 0167-739X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.future.2020.02.069. URL info
• OĽHA, Jaroslav, Jana HOZZOVÁ, Jan FOUSEK a Jiří FILIPOVIČ. Exploiting historical data: Pruning autotuning spaces and estimating the number of tuning steps. CONCURRENCY AND COMPUTATION-PRACTICE & EXPERIENCE. HOBOKEN: WILEY, 2020, roč. 32, č. 21, s. 1-15. ISSN 1532-0626. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/cpe.5962. URL info
• STŘELÁK, David, Carlos Óscar S. SORZANO, José María CARAZO a Jiří FILIPOVIČ. A GPU acceleration of 3-D Fourier reconstruction in cryo-EM. The International Journal of High Performance Computing Applications. SAGE Publishing, 2019, roč. 33, č. 5, s. 948-959. ISSN 1094-3420. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1177/1094342019832958. URL info
• VÁVRA, Ondřej, Jiří FILIPOVIČ, Jan PLHÁK, David BEDNÁŘ, Sérgio Manuel MARQUES, Jan BREZOVSKÝ, Jan ŠTOURAČ, Luděk MATYSKA a Jiří DAMBORSKÝ. CaverDock: a molecular docking-based tool to analyse ligand transport through protein tunnels and channels. Bioinformatics. Oxford: Oxford University Press, 2019, roč. 35, č. 23, s. 4986-4993. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btz386. Full Text info
• ŠTOURAČ, Jan, Ondřej VÁVRA, Piia Pauliina KOKKONEN, Jiří FILIPOVIČ, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Jan BREZOVSKÝ, Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. Caver Web 1.0: identification of tunnels and channels in proteins and analysis of ligand transport. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2019, roč. 47, W1, s. 414-422. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkz378. Full Text info
• FILIPOVIČ, Jiří, Matúš MADZIN, Jan FOUSEK a Luděk MATYSKA. Optimizing CUDA code by kernel fusion: application on BLAS. The Journal of Supercomputing. Springer US, 2015, roč. 71, č. 10, s. 3934-3957. ISSN 0920-8542. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s11227-015-1483-z. URL info
• FILIPOVIČ, Jiří a Siegfried BENKNER. OpenCL Kernel Fusion for GPU, Xeon Phi and CPU. In Proceedings of IEEE International Symposium on Computer Architecture and High Performance Computing. Florianópolis: IEEE, 2015, s. 98-105. ISSN 1550-6533. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/SBAC-PAD.2015.29. info
• PETERLÍK, Igor a Jiří FILIPOVIČ. Distributed Construction of Configuration Spaces for Real-Time Haptic Deformation Modeling. IEEE Transactions on Industrial Electronics. 2011, roč. 58, č. 8, s. 3205-3212. ISSN 0278-0046. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/TIE.2009.2032438. info

7. 4. 2025