Detekce a identifikace původců mykotických infekcí způsobených vláknitými houbami pomocí metod molekulární genetiky

Varování

Publikace nespadá pod Ústav výpočetní techniky, ale pod Středoevropský technologický institut. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Autoři	BEJDÁK Petr LENGEROVÁ Martina PALOUŠOVÁ Dita VOLFOVÁ Pavlína KOCMANOVÁ Iva MAYER Jiří RÁČIL Zdeněk
Rok publikování	2012
Druh	Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj	Klinická mikrobiologie a infekční lékařství
Fakulta / Pracoviště MU	Středoevropský technologický institut
Citace
Obor	Onkologie a hematologie
Klíčová slova	molecular genetics; diagnosis; mycoses; fiIamentous fungi; barcoding; sequence databases
Přiložené soubory	petr_clanek.pdf
Popis	Metody molekulární genetiky nabízejí možnost rychlé a citlivé detekce a identifikace houbových patogenů. Používané diagnostické metody jsou založeny převážně na PCR. Vzhledem k tomu, že houby jsou takřka všudypřítomné, je třeba zabránit kontaminaci v průběhu celého procesu od odběru vzorku až po laboratorní analýzy. Molekulárně genetické metody diagnostiky nepatři mezi kritéria EORTC/MSG pro stanovení diagnózy mykotických onemocnění, protože stále chybí mezilaboratorní standardizace těchto metod. Dalším důvodem je používání různých cílových genů pro PCR. Pro druhovou identifikaci se doporučuje použivat variabilní sekvence mezerníků (ITS) v genech pro rRNA. Určování hub pomocí sekvenování DNA s sebou nese jistá úskalí a interpretace výsledků může být v některých případech problematická. Sekvence DNA se vyhledávají a porovnávají v internetových databázích, z nichž nejznámější je GenBank. Spolehlivější data pro identifikaci hub však poskytují specializované mykologické databaze.
Související projekty:	Real-time PCR soupravy pro diagnostiku v onkologii