The Biobanking Research Infrastructurec BBMRI_CZ: a Critical Tool to Enhance

Varování

Publikace nespadá pod Ústav výpočetní techniky, ale pod Lékařskou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Název česky	Infrastruktura výzkumných biobank BBMRI_CZ: klíčový nástroj translačního výzkumu v onkologii
Autoři	HOLUB Petr GREPLOVÁ Kamila KNOFLÍČKOVÁ Dana VALÍK Dalibor
Rok publikování	2012
Druh	Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj	Klinická onkologie
Fakulta / Pracoviště MU	Lékařská fakulta
Citace
Obor	Onkologie a hematologie
Klíčová slova	biobanking; databases; cancer research
Popis	V tomto sdělení popisujeme národní infrastrukturu výzkumných biobank BBMRI_CZ. Infrastruktura byla založena Ministerstvem školství, mládeže a tělovýchovy a stala se partnerem evropské infrastruktury biobank BBMRI. Infrastruktura je navržena jako síť biobank, které skladují vzorky získané od asociovaných zdravotnických institucí. Biobanky sestávají z dlouhodobého úložiště (různé typy tkání klasifikované podle diagnózy, peroperační sérum, genomová DNA, RNA) a krátkodobého úložiště (séra pacientů odebíraná v čase). Diskutujeme způsob práce infrastruktury, který musí odpovídat její distribuované povaze: získávání vzorků musí být doprovázeno extrakcí dat z nemocničních informačních systémů a tato data musejí být katalogizována v centrálním indexu pro potřeby vyhledávání. Jelikož BBMRI_CZ slouží pouze pro potřeby vědy a výzkumu, jsou data před uložením do indexu anonymizována. Index je poté k dispozici registrovaným výzkumným pracovníkům, kteří mohou o vybrané vzorky podat žádosti správcům biobank. Článek poskytuje přehled struktury dat uložených v indexu. Diskutujeme také monitorovací systém biobank, který je do BBMRI_CZ začleněn pro dohled nad dodržováním kvality uskladnění vzorků.