PredictSNP 1.0

Varování

Publikace nespadá pod Ústav výpočetní techniky, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Autoři	BENDL Jaroslav ŠTOURAČ Jan SALANDA O. PAVELKA Antonín WIEBEN E.D. ZENDULKA J. BREZOVSKÝ Jan DAMBORSKÝ Jiří
Rok publikování	2013
Druh	Software
Fakulta / Pracoviště MU	Přírodovědecká fakulta
www	http://loschmidt.chemi.muni.cz/predictsnp/
Popis	Tento nástroj předpovídá efekt aminokyselinových substitucí na funkci proteinů. Jeho predikce jsou založeny na kombinaci výsledků existujících metod (MAPP, PhD-SNP, PolyPhen-1, PolyPhen-2, SIFT a SNAP), přičemž tyto metody v objektivních testech významně překonává. Metodika tvorby konsenzu je popsaná v článku: "Bendl et. al. (2014) PredictSNP: Robust and Accurate Consensus Classifier for Prediction of Disease-Related Mutations. PLoS Computational Biology, 10". Uživatelské rozhraní bástroje ukazuje nejen výsledky integrovaných nástrojů a vyvinutého meta-klasifikátoru, ale také nalezené experimentální anotace těchto mutací z databází PMD a UniProt. Nástroj je zdarma dostupný akademické komunitě na adrese http://loschmidt.chemi.muni.cz/predictsnp.
Související projekty:	Evoluce substrátové specifity u enzymů aktivních s xenobiotickými látkami