Visualizing Movements of Protein Tunnels in Molecular Dynamics Simulations
| Název česky | Vizualizace pohybu tunelů v tunelech v rámci molekulové dynamiky |
|---|---|
| Autoři | |
| Rok publikování | 2014 |
| Druh | Článek ve sborníku |
| Konference | EG VCBM 2014 Eurographics Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Obor | Informatika |
| Klíčová slova | protein; visualization; tunnel; animation; Voronoi diagram; Delaunay triangulation |
| Popis | Analýza a vizualizace molekul a jejich strukturních vlastností umožňuje biochemikům a biologům lépe porozumět chování daného proteinu. Zkoumání těchto struktur v rámci molekulové dynamiky dále tyto znalosti prohlubuje. Článek prezentuje tři přístupy k animaci specifických cest uvnitř proteinu, nazývaných tunely. Tyto tunely umožnují průchod malých molekul, molekul vody a iontů skrz daný protein. Tunely slouží k lepšímu pochopení strukturně-funkčních vztahů proteinů a dále znalost jejich přítomnosti a vlastností pomáhá lépe navrhovat možné inhibitory. Naše nové metody jsou odvozeny z vybraných existujících reprezentaci tunel, kdy každá z nich je zaměřena na některé z důležitých vlastností tunelů - šířka, tvar, mapování fyziko-chemikálních vlastností, atd. Naše metody slouží k hladké animaci pohybu jednotlivých tunelů a umožňují pozorovat jejich změny v rámci dané simulace, jako je například jejich délka a tvar. |
| Související projekty: |