Next-generation sequencing and genome characterization of red clover and its wild relative zig-zag clover
| Název česky | Sekvenování další generace a charakterizace genomu jetele lučního a planého příbuzného druhu jetele prostředního |
|---|---|
| Autoři | |
| Rok publikování | 2014 |
| Druh | Článek ve sborníku |
| Konference | International Conference on ENHANCED GENEPOOL UTILIZATION - Capturing wild relative and landrace diversity for crop improvement, Cambridge, United Kingdom, 16-20 June 2014. Book of Abstracts. |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Obor | Genetika a molekulární biologie |
| Klíčová slova | Trifolium pratense; Trifolium medium; de novo sequencing; SNP; SSR |
| Popis | Rod Trifolium je taxonomicky klasifikován do čeledě Fabaceae. Obsahuje druhy známé jako jetel, kulturní I plané. Mezidruhová hybridizace tetraploidního jetele lučního a příbuzným oktoploidním jetelem prostředním (T. medium) byla provedena s cílem introgrese vhodných znaků do jetele lučního. Byla provedena de novo assembly genomu T. pratense po jeho osekvenování metodou Illumina. Současná assembly zahrnuje ~314.6 Mbp. Celkem bylo anotováno 47398 genů kódující protein z 64761 předpovězených genů. Byly identifikovány geny rezistence, geny pro leghemoglobin a geny kódující peptidy bohaté na cystein specifické pro hlízky. Byla získána sekvenační data pro T. medium s pokrytím genomu 20,7x (x = 3,5 Gbp). Byly získány druhově specifické SNP v kódujících sekvencích (23299 pro T. pratense a 1177 pro T. medium) a 924837 SNP mezi genotypy křížených druhů T. pratense a T. medium. Pro kódující sekvence a exony byl vytvořen katalog markerů SSR. |
| Související projekty: |