AtomicChargeCalculator: Interactive Web-based calculation of atomic charges in large biomolecular complexes and drug like molecules

Varování

Publikace nespadá pod Ústav výpočetní techniky, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Autoři	IONESCU Crina-Maria SEHNAL David FALGINELLA Francesco Luca PANT Purbaj PRAVDA Lukáš BOUCHAL Tomáš SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka GEIDL Stanislav KOČA Jaroslav
Rok publikování	2015
Druh	Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj	Journal of Cheminformatics
Fakulta / Pracoviště MU	Přírodovědecká fakulta
Citace
www	http://dx.doi.org/10.1186/s13321-015-0099-x
Doi	http://dx.doi.org/10.1186/s13321-015-0099-x
Obor	Biochemie
Klíčová slova	Conformationally dependent atomic charges; Biomacromolecules; Drug-like molecules; Paracetamol; Benzoic acids; Protegrin; Proteasome; Allostery; Chemical reactivity
Přiložené soubory	s13321-015-0099-x.pdf
Popis	This paper introduces AtomicChargeCalculator (ACC), a web-based application for the calculation and analysis of atomic charges which respond to changes in molecular conformation and chemical environment. ACC relies on an empirical method to rapidly compute atomic charges with accuracy comparable to quantum mechanical approaches. Due to its efficient implementation, ACC can handle any type of molecular system, regardless of size and chemical complexity, from drug-like molecules to biomacromolecular complexes with hundreds of thousands of atoms. ACC writes out atomic charges into common molecular structure files, and offers interactive facilities for statistical analysis and comparison of the results, in both tabular and graphical form.
Související projekty:	CEITEC - středoevropský technologický institut Zaměstnáním čerstvých absolventů doktorského studia k vědecké excelenci Studium proteinu z patogenu zapojených do rozpoznávání hostitelského organismu Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace IV.