Štiepenie plazmidovej DNA pomocou iónov Nd3+
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2011 |
| Druh | Článek ve sborníku |
| Konference | XV. Setkání biochemiků a molekulárních biologů: Sborník příspěvků |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Obor | Mikrobiologie, virologie |
| Popis | V poslednej dobe sa zvýšil záujem v navrhovaní malých kovových komplexov, ktoré sú schopné katalytickej hydrolýzy deoxyribonukleovej kyseliny (DNA) a ribonukleovej kyseliny (RNA) .[1] Väčšina známych syntetických katalyzátorov pre DNA hydrolýzu sú kovové ióny a ich komplexy. Predovšetkým lanthanoidy sú známe ako výborné katalyzátory k štiepeniu DNA. Hydrolyzujú fosfodiesterové väzby na jednoduché estery fosfátu, oligonukleotidy, RNA a jednoreťazcovú DNA.[2] Hoci je známe množstvo prirodzene pôsobiacich hydroláz, vývoj syntetických nukleáz by mal veľký úžitok a význam. [1,3] Možno najväčší význam syntetických hydroláz by bolo ich použitie ako artificiálne reštrikčné enzýmy.[4,5] Je možné ich využiť i k linearizácii plazmidov [2], ktoré sa vyskytujú v klinicky významných kmeňoch baktérií vzhľadom k premenlivosti ich genómu. Cieľom práce bolo štiepenie plazmidovej DNA pUC19 (kontrola) a plazmidovej DNA izolovanej z kmeňov Staphylococcus aureus P2, Staphylococcus aureus P9, Staphylococcus aureus P12, Staphylococcus aureus P23 a Staphylococcus aureus PO7/235 pomocou iónov Nd3+. Štiepenie plazmidovej DNA prebiehalo pri 63 C a reakčný čas bol v rozmedzí 0 - 4 hodín. Reakcia bola zastavená prídavkom 0,5M EDTA. Naštiepená plazmidová DNA bola detekovaná pomocou agarózovej gélovej elektroforézy. Optimálna doba štiepenia bola 4 hodiny. U niektorých kmeňov došlo k linearizácii plazmidov iónmi neodýmia. Veľkosti fragmentov linearizovanej formy boli použité k charakterizácii (určeniu veľkosti) neznámych plazmidov, izolovaných z klinických kmeňov Staphylococus aureus. Bolo zistené, že jednotlivé kmene obsahujú 1-3 plazmidy rôznych dĺžok. Použité lanthanoidové ióny Nd3+ sa ukázali byť vhodným prostriedkom k neenzymatickému štiepeniu plazmidovej DNA. |
| Související projekty: |