CaverDock 1.0

• Autoři: FILIPOVIČ Jiří; VÁVRA Ondřej; PLHÁK Jan; BEDNÁŘ David; MARQUES Sérgio Manuel; BREZOVSKÝ Jan; MATYSKA Luděk; DAMBORSKÝ Jiří
• Rok publikování: 2017
• Druh: Software
• Fakulta / Pracoviště MU: Ústav výpočetní techniky
• www: https://loschmidt.chemi.muni.cz/caverdock/
• Popis: CaverDock je softwareový nástroj pro rychlou analýzu transportních procesů v proteinech. Modeluje transport ligandu - substrátu, produktu, inhibitoru, ko-factoru či ko-solventu - z vnějšího prostředí do aktivního/vazebného místa v proteinu či opačným směrem. Vstupem pro výpočet jsou struktury proteinu a ligandu v PDBQT formátu. Výstupem je trajektorie ligandu a energetický profil. CaverDock implementuje zcela nový algoritmus založený na molekulovém dockingu, který je schopen vypočítat souvislou trajektorii ligandu a odhadnout energii jeho transportu. Současná verze CaverDocku používá CAVER pro identifikaci cesty v proteinu a výrazně modifikovaný AutoDock Vina jako dokovací engine. Nástroj je mnohem rychlejší než simulace pomocí molekulové dynamiky (2-20min na úlohu), což jej činní vhodný pro virtuální screening. Software je velmi jednoduchý na použití, jelikož v minimalistické konfiguraci vyžaduje pouze nastavení pro AutoDock Vina a geometrii tunelu.

Související projekty

• Pokročilé hybridní metody studia transportních procesů v proteinech a jejich využití v designu biokatalyzátorů