Acceleration of Mean Square Distance Calculations with Floating Close Structure in Metadynamics Simulations
| Název česky | Zrychlení výpočtů průměrných čtvercových vzdáleností s pohyblivou blízkou strukturou v metydynamických simulacích |
|---|---|
| Autoři | |
| Rok publikování | 2018 |
| Druh | Výzkumná zpráva |
| www | https://arxiv.org/abs/1801.02362 |
| Popis | Molekulární dynamika simuluje pohyby atomů. Vzhledem k jejím vysokým výpočetním nákladům bylo vyvinuto mnoho metod pro "posouvání simulace dopředu". Jedna z nich, metadynamika, může zrychlit molekulární dynamiku s pomocí proměnných popisujících simulovaný proces. Avšak vyhodnocení těchto proměnných mohou zahrnovat četné výpočty průměrných čtverečních vzdáleností. Tyto zavádějí vysoké výpočetní požadavky, čímž ohrožují přínos metadynamiky. Nedávno jsme navrhli aproximativní metodu, která výrazně snižuje počet výpočtů vzdálenosti. Zde vyhodnocujeme výkonnost a škálovatelnost na testech se dvěma molekulárními systémy. Posuzujeme maximální teoretické zrychlení a porovnáváme je s praktickým dosažením rychlosti s naší implementací. |
| Související projekty: |