Influence of Trp flipping on carbohydrate binding in lectins. An example on Aleuria aurantia lectin AAL

Varování

Publikace nespadá pod Ústav výpočetní techniky, ale pod Středoevropský technologický institut. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Autoři	HOUSER Josef KOZMON Stanislav MISHRA Deepti MISHRA Sushil Kumar ROMANO Patrick R WIMMEROVÁ Michaela KOČA Jaroslav
Rok publikování	2017
Druh	Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj	Plos one
Fakulta / Pracoviště MU	Středoevropský technologický institut
Citace
www	http://journals.plos.org/plosone/article/file?id=10.1371/journal.pone.0189375&type=printable
Doi	http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0189375
Obor	Biochemie
Klíčová slova	FUCOSE-SPECIFIC LECTIN; DISPERSION INTERACTIONS; CRYSTAL-STRUCTURE; PI INTERACTION; CORE FUCOSE; PROTEIN; APPROXIMATION; ENERGY; RECOGNITION; SPECIFICITY
Popis	Interakce protein-cukr jsou často zprostředkovány pomocí CH-pi interakce zahrnující boční řetězec aromatické aminokyseliny. Analýza PDB databáze prokázala tuto interakci pro 265 ligandů a 5208 motivů. Modelový systém interakce je lektinová rodina AAL. V této studii jsme pomocí RTG struktury s vysokým rozlišením a následné in silico analýze prokázali existenci dvou preferovaných konformerů Trp a porovnali jejich výskyt a energetickou bilanci pro vazbu sacharidu.
Související projekty:	Studium proteinu z patogenu zapojených do rozpoznávání hostitelského organismu CERIT Scientific Cloud CEITEC 2020