CaverDock: A Novel Method for the Fast Analysis of Ligand Transport
| Název česky | CaverDock: nová metoda pro rychlou analýzu transportu ligandu |
|---|---|
| Autoři | |
| Rok publikování | 2020 |
| Druh | Článek v odborném periodiku |
| Časopis / Zdroj | IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| www | URL |
| Doi | http://dx.doi.org/10.1109/TCBB.2019.2907492 |
| Klíčová slova | molecular docking; tunnel analysis; ligand transport; drug design; numerical optimization; restrained force field; volume discretization |
| Popis | Prezentujeme novou metodu pro analýzu transportních procesů v proteinech a její implementaci jménem CaverDock. Naše metoda je založena na modifikovaném algoritmu molekulového dokingu. Metoda spočívá v iterativním umísťování ligandu v přístupovém tunelu tak, že je pohyb ligandu souvislý a jeho energie minimalizovaná. Výsledkem výpočtu CaverDocku je trajektorie ligandu a energetický profil jeho transportu. CaverDock využívá modifikovaný program pro doking AutoDock Vina a implementuje paralelní heuristický algoritmus pro prohledávání prostoru možných trajektorií. Naše metoda leží mezi geometrickými přístupy a molekulovou dynamikou. Na rozdíl od geometrických metod poskytuje chemické síly. Je nicméně méně výpočetně náročná a jednodušší k nastavení než simulace založené na molekulové dynamice. CaverDock najde široké využití v oblasti výpočetní enzymologie, návrhu léčiv a proteinového inženýrství. Software je k dispozici zdarma pro akademické účely na https://loschmidt.chemi.muni.cz/caverdock/. |
| Související projekty: |