Allelic variants for candidate nitrogen fixation genes revealed by sequencing in red clover (Trifolium pratense L.)
| Název česky | Varianty alel kandidátních genů pro fixaci dusíku u jetele lučního (Trifolium pratense L.) identifikované sekvenováním |
|---|---|
| Autoři | |
| Rok publikování | 2019 |
| Druh | Článek v odborném periodiku |
| Časopis / Zdroj | International Journal of Molecular Sciences |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| www | http://dx.doi.org/10.3390/ijms20215470 |
| Doi | http://dx.doi.org/10.3390/ijms20215470 |
| Klíčová slova | associated genes; associated polymorphisms; genome-wide association; biological nitrogen fixation; red clover |
| Popis | Symbióza mezi rostlinami a rizobii aktivuje klíčové geny pro regulaci tvorby hlízek souvisejících se schopností biologické fixace dusíku (BFD). Molekulární podstata BFD je často studována, avšak doposud je jen málo známo o vnitrodruhové variabilitě a charakterizaci alelových variant genů. Hlavními cíli studie bylo popsat fenotypovou a genotypovou variabilitu v kontextu fixace dusíku u jetele lučního (Trifolium pratense L.) a identifikovat varianty kandidátních genů pro BFD asociované s efektivitou fixace dusíku. Kritériem pro selekci rostlin s konkrétní hodnotou fixace dusíku byla acetylénová redukční metoda. Obohacené sekvenování u rostlin s kontrastními hodnotami fixace dusíku založené na hybridizaci cílových sekvencí bylo využito k osekvenování 86 klíčových genů. Byly identifikovány dva geny asociované se schopností fixace dusíku: ethylene response factor required for nodule differentiation (EFD) a molybdate transporter 1 (MOT1). Dále bylo provedeno celogenomové populační genotypování metodou ddRADseq a BFD byla vyhodnocena metodou 15N. Na základě fenotypové variability a hodnocení genetické struktury populace byly identifikovány asociované polymorfismy. Poznatky z hodnocení genetické variability kandidátních genů pro BFD a charakterizace genetických variant bude využitelná pro molekulární diagnostiku ve šlechtění jetele lučního. |
| Související projekty: |