AEON.py: Python library for attractor analysis in asynchronous Boolean networks

Varování

Publikace nespadá pod Ústav výpočetní techniky, ale pod Fakultu informatiky. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Autoři	BENEŠ Nikola BRIM Luboš HUVAR Ondřej PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David ŠMIJÁKOVÁ Eva
Rok publikování	2022
Druh	Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj	BIOINFORMATICS
Fakulta / Pracoviště MU	Fakulta informatiky
Citace
www	https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac624
Doi	http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btac624
Klíčová slova	Boolean Networks; Attractors; Software
Popis	AEON.py is a Python library for the analysis of the long-term behaviour in very large asynchronous Boolean networks. It provides significant computational improvements over the state-of-the-art methods for attractor detection. Furthermore, it admits the analysis of partially specified Boolean networks with uncertain update functions. It also includes techniques for identifying viable source-target control strategies and the assessment of their robustness with respect to parameter perturbations.
Související projekty:	Computational reconstruction of mechanistic framework underlying receptor tyrosine kinase function in signal transduction Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace XI.