Využití informačních zdrojů na internetu v praktických cvičeních z bioinformatiky (URL: http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/) na Přírodovědecké fakultě MU v Brně
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2004 |
| Druh | Článek ve sborníku |
| Konference | Pedagogický software |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Obor | Genetika a molekulární biologie |
| Klíčová slova | bioinformatics; genomics; proteomics; education |
| Popis | Bioinformatika je nová disciplína na rozhraní počítačových věd, informačních technologií, matematiky a biologie. Termín bioinformatika se objevil poprvé až v roce 1991 a představuje spojení technologií z oblasti molekulární biologie a oblasti informačních technologií u nichž došlo v posledních letech k explozivnímu růstu nových poznatků. Zahrnuje studium a praktické uchovávání, vyhledávání, zobrazování, manipulaci a modelování biologických dat (Tabulka 1). Neodmyslitelnou součástí infrastruktury bioinformatiky je komunikační prostředek umožňující rychlý přenos obrovského množství dat a současně poskytovanou všeobecnou dostupnost k těmto datům pro tisíce lidí. V závěru dvacátého století se tímto prostředkem stal internet a obecně používaným rozhraním je webový prohlížeč, umožňující pracovat s hypertextovými a hypergrafickými prezentacemi včetně výpočetních nástrojů, podstatně přispívajících ke stanovení vztahů, struktury a funkce informačních biomakromolekul a jejich role v biologických procesech. Na internetu existuje řada kolekcí shromažďujících odkazy na volně dostupné analytické nástroje bioinformatiky. V tomto příspěvku je uvedena výuková stránka pro cvičení k předmětu Úvod do bioinformatiky, který je zařazen do povinné výuky pro magisterský studijní obor molekulární biologie a genetika na Přírodovědecké fakultě Masarykovy univerzity v Brně. Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací bioinformatiky potřebných pro zpracování diplomové práce z molekulární biologie, a především seznámení posluchačů s dostupnými informačními službami pro molekulární biologii. Stránka je umístěna na URL adrese http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/ a je členěná do 11 samostatných témat: Literární informační zdroje pro biomedicínské obory; Databázové zdroje pro molekulární biologii, textové vyhledávání v databázích; Metody používané při sekvencování genomů a analytické nástroje; Restrikční analýza a návrh PCR-primerů a oligonukleotidů; Hledání v databázích sekvencí nukleových kyselin: nástroje pro lokální seřazení sekvencí; Nástroje mnohonásobné a globální seřazení sekvencí DNA a proteinů; Fylogenetická analýza založená na srovnávání konzervativních genů; Počítačové vyhledávání genů a jiných funkčních oblastí genomu; Analýza sekundární struktury RNA; Klasifikace proteinů a identifikace jejich funkcí. |
| Související projekty: |