Srovnávací analýza genomu a proteomu polyvalentních stafylofágů
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2004 |
| Druh | Článek v odborném periodiku |
| Časopis / Zdroj | Bulletin Československé společnosti mikrobiologické |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Obor | Genetika a molekulární biologie |
| Klíčová slova | bacteriophages; genomics; bioinformatics |
| Popis | Virulentní a polyvalentní stafylofágy z čeledi Myoviridae se vyznačují širokým rozmezím hostitelů, které pokrývá řadu druhů rodu Staphylococcus a jsou proto vhodnými kandidáty pro alternativní léčbu stafylokokových infekcí. Genom těchto fágů je tvořen lineární dsDNA o velikosti zhruba 145 kb. Cílem práce bylo srovnání genomu a proteomu fága 812, jeho mutant v rozmezí hostitele a příbuzných fágů U16, 131 a SK311 a objasnění molekulárního základu rozdílů jejich odlišného rozmezí hostitelů. Genomy studovaných fágů byly nejdříve srovnány restrikční analýzou DNA a oblasti, které vykázály vzájemné rozdíly, byly pak studovány detailně. Analýza proteomu byla provedena jednorozměrnou SDS-PAGE s následnou identifikací proteinů peptidovým mapováním pomocí MALDI-TOF hmotnostní spekrometrií. Srovnání fágových genomů odhalilo četné přestavby sekvencí DNA a nukleotidové substituce lokalizované v různých oblastech. Inzerce a delece o velikostí několika kilobází byly zjištěny zejména v nekódujících koncových oblastech genomové DNA. Tyto rozdíly ve struktuře genomu jsme se pokusili korelovat se složením fágových proteomů. Po separaci fágových proteinů SDS-PAGE bylo identifikováno celkem 15 proteinů o velikosti 15 až 80 kDa. Dvanáct pruhů bylo z gelu vyříznuto pro následnou analýzu hmotnostní spektrometrií. Peptidovým mapováním byly identifikovány tři proteiny: 812_mtsp (64.4 kDa), 812_mcp (51.2 kDa) and 812_ORF8 (15.9 kDa). Dva z těchto proteinů byly určeny jako hlavní kapsidový protein a hlavní protein bičíkové pochvy. Oba tyto proteiny vykázaly vysoký stupeň podobnosti s analogickými proteiny dalších stafylokokových fágů TWORT a K a dále s proteiny fága A511 Listeria monocytogenes. Elektroforetická analýza prokázala rozdíly ve velikosti proteinů bičíkové pochvy u fágů 812, SK311 and U16, které se vzájemně liší svým rozmezím hostitele. Získané výsledky naznačují, že rozdíly v rozmezí hostitele polyvalentních stafylokových bakteriofágů mohou být podmíněny změnami ve struktuře bičíkových proteinů. |
| Související projekty: |