Genomic and proteomic characterization of the polyvalent staphylophage 812
| Název česky | Charakterizace genomu a proteomu polyvalentního fága 812 |
|---|---|
| Autoři | |
| Rok publikování | 2004 |
| Druh | Článek ve sborníku |
| Konference | 11th International Symposium on Staphylococci & Staphylococcal Infections. Plenary Summaries & Poster Abstracts |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| www | http://www.isssi.org/ |
| Obor | Genetika a molekulární biologie |
| Klíčová slova | staphylococcus; bacteriophage |
| Popis | Bakteriofág 812, zástupce čeledi Myoviridae, je virulentní polyvalentní fág s ?irokým rozmezím hostitelů, zahrnujícím kmeny a druhy rodu Staphylococcus. Tyto vlastnosti jej činí vhodným kandidátem pro fágovou terapii stafylokokových infekcí. Tato práce byla zaměřena na srovnání genomu a proteomu standardního typu fága 812, jeho mutant v rozmezí hostitele a příbuzných fágů U16, SK311, 131 a Twort s cílem objastnit molekulární základ jejich rozdílného hostitelského rozmezí. Genomy uvedených fágů tvořené lineární dvouřetězcovou DNA o velikosti 145 kb byly srovnávány pomocí restrikční analýzy. Úseky vykazující u jednotlivých fágů rozdíly byly pak charakterizovány detailně. Pro účely proteomických studií byla pou?ita 1-D SDS-PAGE. Nalezené proteiny byly identifikovány metodou peptidového mapování s vyu?itím MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie. Srovnáním fágových genomů byly zji?těny vedle nukleotidových substitucí té? rozsáhlej?í přestavby sekvencí DNA. Inzerce a delece o velikosti ~1 a? 3 kb byly nalezeny převá?ně v nekódujících terminálních sekvencích DNA fágů s odli?ným rozmezím hostitele. Nalezené změny v genomové DNA byly korelovány s proteinovým slo?ením fágů. Pou?itím 1-D SDS-PAGE bylo nalezeno více ne? 20 strukturních proteinů o velikosti cca 15 ? 120 kDa. Metodou peptidového mapování bylo identifikováno 7 proteinů. Dva z nich byly určeny jako hlavní kapsidový protein (51,2 kDa) a protein bičíkové pochvy (64,4 kDa), funkce ostatních identifikovaných proteinů není dosud známa. V?echny tyto proteiny vykazují vysokou sekvenční shodu s odpovídajícími proteiny polyvalentních stafylokokových fágů Twort a K a také s fágy A511 Listeria monocytogenes a LP65 Lactobacillus plantarum. Pomocí SDS-PAGE byly prokázány rozdíly v molekulové hmotnosti proteinů bičíkové pochvy fágů 812, SK311 a U16. Strukturní změny proteinů bičíkové pochvy by mohly být odpovědné za rozdílné hostitelské rozmezí polyvalentních bakteriofágů. |
| Související projekty: |