Influence of Ion Parameters On Molecular Dynamics and/or Free Energy Calculation

Varování

Publikace nespadá pod Ústav výpočetní techniky, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Název česky	Vliv parametrů iontů na výpočet molekulové dynamiky a/nebo volné energie
Autoři	FADRNÁ Eva KOČA Jaroslav ŠPONER Jiří
Rok publikování	2005
Druh	Článek ve sborníku
Konference	Workshop on Modelling interactions in Biomolecules II
Fakulta / Pracoviště MU	Přírodovědecká fakulta
Citace
Obor	Biofyzika
Klíčová slova	molecular dynamics simulations; human telomere; free energy
Popis	Molecular modeling studies of DNA quadruplexes by means of several computational approaches including ns-scale MD simulation, Locally Enhanced Sampling and MM-PBSA. Simple model of ion description influences entire potential energy surface and may shift the molecule from experimental geometry. A lot of attention should be paid to force-field adjustment in order to reach true picture of the structure.
Související projekty:	Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím