Restrikční mapování genomů blízce příbuzných patogenních spirochet rodu Treponema.

Varování

Publikace nespadá pod Ústav výpočetní techniky, ale pod Lékařskou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Autoři	STROUHAL Michal ŠMAJS David
Rok publikování	2005
Druh	Konferenční abstrakty
Fakulta / Pracoviště MU	Lékařská fakulta
Citace
Popis	V této studii jsme vyšetřili rozdíly mezi genomy čtyř příbuzných treponemálních kmenů zahrnující T. pallidum subsp. pallidum Nichols, T. pallidum subsp. pallidum SS14, T. pallidum subsp. pertenue Samoan D, T. pallidum subsp. pertenue Gauthier a T. paraluiscuniculi metodou DNA fingerprintingu. Lze předpokládat, že různá míra invazivity a patogenity těchto spirochet se bude odrážet v rozdílech jejich genomů. Genomy studovaných kmenů byly rozděleny do 94 vzájemně se překrývajících oblastí (TPI intervalů). Každá z těchto oblastí byla pomocí XL PCR amplifikována a získané PCR produkty byly štěpeny restrikčními enzymy BamH I, EcoR I a Hind III. Takto získané restrikční profily byly použity k determinaci heterologních úseků DNA jednotlivých treponemálních kmenů. Tyto odlišnosti jsou soustředěny zejména ve skupině genů tpr, 12-ti genech specifických pro T. pallidum o zatím neznámé funkci. Identifikovaných nukleotidových záměn lze využít při molekulární identifikaci treponemálních kmenů.
Související projekty:	Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum Komparativní genomika patogenních spirochet rodu Treponema: cesta k sekvenčně specifické diagnostice Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací