Proteom polyvalentního stafylokokového bakteriofága
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2006 |
| Druh | Článek ve sborníku |
| Konference | X. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| www | http://orion.chemi.muni.cz/Setkani/setkani10/index.htm |
| Obor | Genetika a molekulární biologie |
| Klíčová slova | Staphylococcus aureus; bacteriophages; therapy; proteome; MALDI MS |
| Popis | Bakteriofág 812 je virulentní a polyvalentní fág, zástupce čeledi Myoviridae, který se vyznačuje širokým rozmezím hostitele zahrnujícím řadu druhů rodu Staphylococcus. Jeho genom je tvořen lineární dvouřetězcovou DNA o velikosti cca 145 kbp, která vykazuje vysoký stupeň sekvenční homologie s genomy fágů K a G1. Polyvalentní stafylokokové bakteriofágy se v posledních letech staly předmětem zájmu s ohledem na jejich možné praktické využití při fágové terapii, která představuje vhodnou alternativu antibiotikové léčby stafylokokových infekcí. Cílem práce je detailní charakterizace proteomu fága 812 a identifikace proteinů tvořících fágové viriony. Fág 812 byl pomnožen na kmeni S. aureus SA812, purifikován ultracentrifugací v gradientu CsCl a dialyzován proti vodě. DNA uvolněná z fágových částic byla odstraněna DNázou I. Fágové proteiny byly denaturovány a k jejich separaci byla použita 1-D a 2-D PAGE. Proteiny byly identifikovány metodou peptidového mapování s využitím MALDI TOF MS a LC MS/MS. Pomocí 1-D PAGE bylo nalezeno cca 40 pruhů v rozmezí 10 150 kDa. Pomocí 2-D PAGE bylo nalezeno cca 120 skvrn (gely barvené CBB) a cca 700 skrvn (gely barvené stříbrem). Peptidovým mapováním bylo identifikováno celkem 24 proteinů fága 812. Použití 2D-PAGE umožnilo identifikovat 20 nových proteinů, které dosud nebyly určeny při analýze proteomu blízce příbuzných stafylokokových fágů K a G1. 15 proteinů bylo jednoznačně přiřazeno ke genům náležejícím do strukturního genomového modulu, zbývajících 9 je kódováno geny levého nebo pravého ramena fágového genomu. Mezi nejvíce abundantní proteiny fága 812 patří hlavní kapsidový protein, hlavní protein bičíkové pochvy a dále ORF8 a protein identický s ORF 95 fága K. Protein bičíkové pochvy se vyskytuje ve dvou formách lišících se elektroforetickou mobilitou. Předpokládá se, že tyto změny ve struktuře proteinu souvisejí s kontrakcí fágového bičíku. Identifikované proteiny fága 812 tvoří základ pro detailní analýzu struktury fágových virionů a jsou předpokladem jejich účinného a bezpečného využití ve fágové terapii. |
| Související projekty: |