Využití MALDI-MS pro identifikaci Pseudomonas spp.
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2006 |
| Druh | Konferenční abstrakty |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Popis | Bakterie rodu Pseudomonas jsou hojně zastoupeny v životním prostředí, potravinách a klinickém materiálu. Jeho hlavní význam spočívá v přítomnosti enzymatických drah uplatňujících se v biodegradaci a geochemických cyklech. Bakterie tohoto rodu jsou často izolovány z humánního a veterinárního klinického materiálu jako etiologické agens široké škály infekcí, včetně infekcí nozokomiálních a systémových. Klasifikace a identifikace izolátů z prostředí je problematická vzhledem k heterogenitě a genetické proměnlivosti v rámci rodu. Analýza celobuněčných preparátů metodou hmotnostní spektrometrie s laserovou desorpcí a ionizací za účasti matrice při měření délky letu ionizovaných části (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight, MALDI-TOF MS)je metoda, která se v současnosti začíná využívat pro typizaci a identifikaci mikroorganismů. Využívá specifických peptidových a proteinových profilů jednotlivých izolátů. Cílem naší práce bylo optimalizovat kultivaci, přípravu vzorku a podmínky pro hmotnostní analýzu. Z analýz byla získávána spektra proteinových a peptidových píků, která byla zpracovávána softwarem vyvinutým oddělením informačních technologií při fakultě informatiky Masarykovy univerzity. Zpracování dat umožnilo identifikaci a kvantifikaci píků, výpočet podobnosti mezi proteinovými spektry a klasifikaci vzorků. Výsledky metody byli porovnávány s výsledky jiných taxonomických metod. Podařilo se optimalizovat provedení MALDI TOF-MS pro analýzu bakterií rodu Pseudomonas a potvrdit jejich využitelnost v typizaci. Hlavními výhodami metody jsou vysoce reprodukovatelná spektra, rychlost analýzy a práce s malým objemem vzorku. Práce je podporována projekty MSM 0021622413. |
| Související projekty: |