Srovnání komparativní genomové sekvenace a pyrosekvenace u Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2007 |
| Druh | Konferenční abstrakty |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Popis | Cíl: Srovnat komparativní genomovou sekvenaci (CGS) a pyrosekvenaci a určit správnou sekvenci genomu Treponema pallidum ssp. pallidum Samoa D. Materiál a metody: Metoda CGS umožňuje sekvenaci blízce příbuzných mikrobiálních genomů s využitím znalosti referenčního genomu. Pyrosekvencování je metoda umožňující sekvenaci celého mikrobiálního genomu de novo i z malého množství DNA bez nutnosti konstrukce genomové knihovny. Pyrosekvencování využívá luminiscenční detekce bisfosfátu uvolněného při prodlužování replikovaného řetězce inkorporací nukleotidů polymerázou. Mezi sekvencemi z CGS a pyrosekvencování bylo odhaleno 512 odlišností, a to převážně jednonukleotidových. Ty byly rozděleny do 345 oblastí, které byly navrženy pro amplifikaci PCR a enzymatickou sekvenaci. Z výsledků srovnání vyplývá, že CGS chybuje asi 1,2x častěji než pyrosekvencování. Na chybách způsobených pyrosekvencováním se nejvíce podílí delece a inzerce (indely) a to celkem z 92,3 %. |
| Související projekty: |
|