Limits of Accuracy of RNA Dynamics Studied by Model Free Analysis of C-13 Relaxation
| Název česky | Meze správnosti studia dynamiky RNA pomocí model-free analýzy relaxace uhlíku C-13 |
|---|---|
| Autoři | |
| Rok publikování | 2007 |
| Druh | Článek ve sborníku |
| Konference | 22nd NMR Valtice |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Obor | Biochemie |
| Klíčová slova | dynamics; NMR spectroscopy; nucleic acid; relaxation; chemical shift anisotropy |
| Popis | Model-free analýza relaxačních dat je jednou z metod studia interní dynamiky molekul pomocí NMR spektroskopie. Aplikovatelnost model-free přístupu na analýzu C-13 relaxačních dat u uhlíků v bazích nukleových kyselin však nebyla dosud dostatečně prověřena. Cílem této práce je nalézt podmínky, za nichž je tato metoda aplikovatelná s dostatečnou správností. Studovali jsme vliv asymetrie tenzoru chemického stínění pro molekuly s axiálně symetrickým difuzním koeficientem s poměrem složek 2.4 až 8.2, což odpovídá duplexům DNA o 12 až 30 párech bazí. Maximální povolená chyba parametru uspořádání byla 0.05. Výsledky ukazují, že pro atom C6 v pyrimidinových bazích jsou při rezonanční frekvenci vodíku 800 MHz výsledky zatíženy příliš velkou chybou u všech studovaných molekul, zatímco při 400 MHz je chyba přijatelná u všech studovaných molekul s výjimkou molekuly s 30ti páry bazí. |
| Související projekty: |