The application of MALDI MS whole-cell profiles of the genus Pseudomonas
| Název česky | Aplikace MALDI MS celobuněčných profilů rodu Pseudomonas |
|---|---|
| Autoři | |
| Rok publikování | 2007 |
| Druh | Konferenční abstrakty |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Popis | Rod Pseudomonas je široce rozšířen v prostředí a bývá častým izolátem lidského a veterinárního klinického materiálu. Pseudomonády vykazují četné rezistence na antibiotika a chemické látky a jsou schopny tvořit biofilm s nebezpečím kolonizace sliznice a tkání. Jejich význam spočívá v potenciálu enzymatických drah a v působení v geochemických cyklech a při biodegradacích. Pseudomonas sendu stricto v současnosti zahrnuje více než 100 platně popsaných druhů. Identifikace je často komplikovaná vzhledem k heterogenitě a genetické variabilitě uvnitř rodu. Taxonomie pseudomonád prodělává velký vývoj. Hmotnostní spektrometrie s laserovou desorpcí a ionizací za účasti matrice s měřením délky letu (Matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry)je analytická technika, která identifikuje protein/peptidové markery bakteriálního proteomu. Metoda byla úspěšně aplikovaná u příbuzných rodů a je schopna rozeznat příbuzné mikroorganismy, které jsou neodlišitelné genotypizačními metodami a biotypizací. Cílem naší studie bylo optimalizovat metodu analýzy a přípravy vzorku. Metodou byla získána reprodukovatelná spektra 90ti kmenů rodu Pseudomonas. Analýza dat zahrnovala identifikaci a kvantifikaci signálů, výpočet podobnosti mezi dvojicemi spekter, shlukovou analýzu a klasifikaci vzorku. Byly získány hmotnostní protein/peptidové profily umožňující rychlou a spolehlivou identifikaci druhů a typizaci kmenů. |
| Související projekty: |