From Simple Regulatory Motifs to Parallel Model Checking of Complex Transcriptional Networks

Varování

Publikace nespadá pod Ústav výpočetní techniky, ale pod Fakultu informatiky. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Název česky	Od jednoduchých regulačních motivů k ověřování komplexních transkripčních sítí
Autoři	BARNAT Jiří BRIM Luboš ČERNÁ Ivana DRAŽAN Sven ŠAFRÁNEK David
Rok publikování	2008
Druh	Článek ve sborníku
Konference	Proceedings of PDMC 2008 - Parallel and Distributed Methods ins VerifiCation
Fakulta / Pracoviště MU	Fakulta informatiky
Citace
Obor	Informatika
Klíčová slova	transcriptional networks; model checking; B. subtilis
Popis	Centrálním mechanismem, jenž řídí funkčnost každého živého organismů, je syntéza proteinů, tzv. transkripce, realizovaná dle genetického kódu. Transkripce je řízena netriviálními interakcemi na biochemické bázi, které ovlivňují míru transkripce jednotlivých proteinů. Analýza dynamických aspektů transkripce na úrovni in silico modelů tudíž vyžaduje škálovatelné výpočetní metody. V tomto článku je ukázáno, jak inherentní vlastnosti transkripčních mechanismů (identifikovány prostřednictvím určitých motivů) lze analyzovat na úrovni abstraktního kvalitativního modelu prostřednictvím metody ověřování modelů. Použití metody je demonstrováno na analýze transkripce proteinů zajišťujících sporulaci bakterie Bacilus subtilis.
Související projekty:	Techniky automatické verifikace a validace softwarových a hardwarových systémů Institut Teoretické Informatiky Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy