General Base Catalysis for Cleavage by the Active-Site Cytosine of the Hepatitis Delta Virus Ribozyme: QM/MM Calculations Establish Chemical Feasibility

Varování

Publikace nespadá pod Ústav výpočetní techniky, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Název česky	General base katalýza štěpení aktivním cytosinem HDVr: QM/MM výpočty prokazují chemickou proveditelnost
Autoři	BANAS Pavel RULISEK Lubomir HANOSOVA Veronika SVOZIL Daniel WALTER Nils SPONER Jiri OTYEPKA Michal
Rok publikování	2008
Druh	Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj	Journal of Physical Chemistry B
Fakulta / Pracoviště MU	Přírodovědecká fakulta
Citace
Obor	Biofyzika
Klíčová slova	quantum chemistry; molecular mechanical calculation; HDVr
Popis	Studium nukleotidu C75 v aktivním místě při samoštěpící reakci HDVr. K tomuto účelu byly provedeny kvantově chemické a molekulově mechanické výpočty. Výpočty ukazují, že C75 může snadno fungovat jako general base ve shodě s hydratovaným hořečnatým iontem jako general acid. Vypočtená energetická bariera pro navržený mechanismus (minus20 kcal/mol) by snížila reakční barieru o minus15 kcal/mol ve srovnání s nekatalyzovanou reakcí a je v dobré shodě s experimentálními daty.
Související projekty:	Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím Biomolekulární centrum