On Algorithmic Analysis of Transcriptional Regulation by LTL Model Checking

Varování

Publikace nespadá pod Ústav výpočetní techniky, ale pod Fakultu informatiky. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Název česky	Algoritmická analýza transkripční regulace s využitím metody ověřování modelů
Autoři	BARNAT Jiří BRIM Luboš ČERNÁ Ivana DRAŽAN Sven FABRIKOVÁ Jana ŠAFRÁNEK David
Rok publikování	2009
Druh	Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj	Theoretical Computer Science
Fakulta / Pracoviště MU	Fakulta informatiky
Citace
www	http://dx.doi.org/10.1016/j.tcs.2009.02.017
Obor	Informatika
Klíčová slova	Genetic regulatory network; Piecewise-linear approximation; Model checking
Popis	Článek přináší výsledek v oblasti algoritmické analýzy modelů dynamiky genetických regulačních sítí. Z teoretického hlediska je analyzována (exponenciální) složitost výpočtu de Jongova algoritmu pro kvalitativní analýzu genetických regulačních sítí prostřednictvím metody ověřování modelů. Na základě této analýzy je navržena abstrakce snižující třídu exponenciality časové složitosti výpočtu. V článku je rovněž identifikován fragment lineární temporální logiky, pro nějž je navrhovaná abstrakce systému konzervativní. V praktické části článku jsou prezentovány experimenty na nichž je porovnána původní verze algoritmu s verzí abstrahovanou.
Související projekty:	Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy Verifikace a analýza velmi velkých počítačových systémů