THE USE OF MALDI-TOF MASS SPECTROMETRY WHOLE CELL PROTEIN/PEPTIDE PROFILES FOR IDENTIFICATION AND CHARACTERIZATION OF NOVEL STRAINS WITH PROBIOTIC PROPERTIES
| Název česky | Využití protein-peptidových profilů MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie celobuněčných preparátů pro identifikaci a charakterizaci nových kmenů baktérií s probiotickými vlastnostmi |
|---|---|
| Autoři | |
| Rok publikování | 2009 |
| Druh | Konferenční abstrakty |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Popis | V potravinářském průmyslu, konkrétně v oblasti využívání nových kmenů bakterií mléčného kvašení s probiotickými vlastnostmi, se klade důraz na selekci vhodného kmene, jeho identifikaci a charakterizaci. Moderní metoda Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization - Time of Flight Mass Spectrometry (MALDI MS) se v mikrobiologii široce využívá pro chemotaxonomii zejména pro svou vysokou citlivost, výbornou reprodukovatelnost, technickou nenáročnost a rychlost analýzy. Poskytuje protein/peptidový profil, který je pro daný bakteriální kmen vysoce charakteristický a pro identifikaci má mimořádnou rozlišující schopnost. Je využíván pro přímou identifikaci celobuněčných preparátů a pro sledování charakteristik (klasifikace, produkce metabolitů..) daného kmene. Identifikace je založena na porovnání protein/peptidových profilů neznámých vzorků s profily databází typových a referenčních kultur. Metodika: Po kultivaci buněk byla provedena standardní ethanolová extrakce (Bruker, Německo), extrakty byly ve vhodné matrici (alpha-cyano-4-hydroxy-cinnamic acid) pipetovány na MALDI destičku a analyzovány v hmotnostním spektrometru. MS data byla zpracována shlukovou analýzou za využití BioTyper software (Bruker). Optimalizace podmínek růstu a analýzy byla provedena s využitím typových kultur rodů Bifidobacterium, Lactobacillus a Lactococcus. Cílem studie bylo ověřit diferenciační schopnosti metody pro spolehlivou identifikaci a charakterizaci kmenů vybraných druhů bakterií mléčného kvašení. Výsledky: Proces optimalizace nepotvrdil vliv kultivačního media, prodloužené kultivace a délky uchovávání zamraženého vzorku na výsledky MALDI-MS analýzy. Získali jsme vysoce reprodukovatelné výsledky identifikace stovky typových a referenčních CCM a CCDM kmenů bakterií mléčného kvašení a následně 74 nových kmenů bakterií s probiotickými vlastnostmi. U většiny kmenů byla prokázána schopnost metody rozlišit kmen na úrovni rodu, druhu a poddruhu. |
| Související projekty: |