Structural Dynamics of the Box C/D RNA Kink-Turn and Its Complex with Proteins: The Role of the A-Minor 0 Interaction, Long-Residency Water Bridges, and Structural Ion-Binding Sites Revealed by Molecular Simulations

Varování

Publikace nespadá pod Ústav výpočetní techniky, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Název česky	Dynamika Loop E/Helix IV rRNA - L25 protein complexu
Autoři	ŠPAČKOVÁ Naděžda RÉBLOVÁ Kamila SPONER Jiri
Rok publikování	2010
Druh	Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj	Jouranl of Physical Chemistry B
Fakulta / Pracoviště MU	Přírodovědecká fakulta
Citace
Obor	Biofyzika
Klíčová slova	RNA-protein complex; molecular dynamics; kink-turn; A-minor interaction
Popis	The study is focused on investigation of Box C/D RNA Kink-Turn with two proteins: native archaeal L7ae protein and human 15.5 kDa protein. The simulations reveal structural details of the studied molecules on nanosecond time scale, i.e. structural dynamics of essential tertiary interaction within kink-turn, reduced kink-turn flexibility upon protein binding, structurally important water molecules and ion binding sites.
Související projekty:	Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím