"Anticipated" nucleosome positioning pattern in prokaryotes

Varování

Publikace nespadá pod Ústav výpočetní techniky, ale pod Středoevropský technologický institut. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Autoři	RAPOPORT Alexandra E. TRIFONOV Eduard
Rok publikování	2011
Druh	Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj	Gene
Fakulta / Pracoviště MU	Středoevropský technologický institut
Citace
Doi	http://dx.doi.org/10.1016/j.gene.2011.08.002
Obor	Genetika a molekulární biologie
Klíčová slova	Amphipathic alpha helices; Evolution of nucleosome positioning pattern; Hidden sequence patterns; Sequence periodicity; Shannon N-gram extension
Popis	Linguistic (word count) analysis of prokaryotic genome sequences, by Shannon N-gram extension, reveals that the dominant hidden motifs in A+T rich genomes are T(A)(T)A and G(A)(T)C with uncertain number of repeating A and T. In this case the above patterns in prokaryotes may be considered as "anticipated" nucleosome positioning patterns which, quite likely, existed in prokaryotic genomes before the evolutionary separation between eukaryotes and prokaryotes.
Související projekty:	Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací CHROMPLANT