Informace o projektu
Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
- Kód projektu
- MSM0021622413
- Období řešení
- 1/2005 - 12/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Výzkumné záměry
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Přírodovědecká fakulta
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
- Další fakulta/pracoviště MU
-
Středoevropský technologický institut
- Klíčová slova
- proteiny, vztah struktury a funkce proteinů, komplexy proteinů, proteom, metabolom
Návrh bezprostředně navazuje na předchozí výzkumný záměr "Strukturně funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu", řešený v letech 1998-2004, a zčásti i na projekt "Laboratoř struktury a dynamiky biomolekul" v rámci programu "250" (1996-2000). Klíčovou součástí tohoto výzkumného záměru byla identifikace a charakterizace vybraných bakteriálních proteinů a nízkomolekulárních látek účastnících se metabolismu bakterií a hub. Nově navrhovaný záměr by měl jednak zahrnout i další proteiny z jiných typů organismů, např. živočišné proteiny vážící feromony, ale hlavním přínosem bude rozšíření předmětu zájmu na interakce proteinů s okolím. Řečeno jinak, hlavní inovací bude to, že předmětem zájmu budou komplexy proteinů. Při studiu funkce a regulace enzymů se zaměříme i na rozvoj metod monitorování jejich aktivity za podmínek in vivo analýzou intracelulárních metabolitů. Zapojení odborníků z oblasti instrumentální analytické chemie a experimentální organické chemie a fotochemie umožní neomezovat se na, z pohledu řady metod, „uživatelský přístup“, ale vyvíjet vlastní aktivity k dalšímu rozvoji a implementaci těchto technik v proteomice a metabolomice. Nový záměr bude moci stavět na instrumentální základně, kterou se v minulém období podařilo výrazně posílit. Např. v letech 2001-2002 bylo sdružením prostředků z fondu SZNN MŠMT, minulého výzkumného záměru a grantu GAČR vybudováno moderní pracoviště pro analýzu proteomu, zahrnující dvoudimenzionální elektroforézu, denzitometrii s analýzou obrazu a hmotnostní spektrometrii proteinů. Vynikající je také strukturní a počítačové zázemí projektu, a to jak z hlediska instrumentálního tak z hlediska lidských zdrojů. Výrazně byla inovována molekulárně biologická infrastruktura záměru (např. zřízena nová laboratoř pro studium interakce rostlin s patogeny). Těmito změnami se otevírá pole využití moderních metod genomiky, proteomiky a metabolomiky při akcentaci biochemického a strukturního pohledu na řešenou problematiku. Celková hodnota investičních zařízení, která budou v rámci řešení výzkumného záměru používána, přesahuje částku 100 mil. Kč. Investiční úsilí podávaného výzkumného záměru bude sledovat základní myšlenku udržet alespoň rámcově krok v oblasti instrumentace používané v té části současné moderní biochemie a strukturní biologie, která se zabývá proteiny. K základním cílům výzkumného záměru v oblasti personální bude udržet na fakultě mladé kvalitní výzkumné pracovníky, kteří buď byli fakultou vychováni či na fakultu přišli v rámci vládních programů na posílení výzkumu na vysokých školách či výzkumných center.
Publikace
Počet publikací: 835
2012
-
Type I iodothyronine 5’-deiodinase mRNA and activity is increased in adipose tissue of obese subjects
International Journal of Obesity, rok: 2012, ročník: 36, vydání: 2, DOI
-
Understanding the Sequence Preference of Recurrent RNA Building Blocks using Quantum Chemistry: The Intrastrand RNA Dinucleotide Platform
Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2012, ročník: 8, vydání: 1, DOI
-
Use of 82Br and 131I radionuclides in studies of goitrogenic effects of exogenous bromide
Journal of Radioanalytical and Nuclear Chemistry, rok: 2012, ročník: 291, vydání: 2, DOI
2011
-
1H, 13C, and 15N resonance assignments for the CTD-Interacting Domain of Nrd1 bound to Ser5-phosphorylated CTD of RNA Polymerase II
Biomolecular NMR Assignments, rok: 2011, ročník: 5, vydání: 2, DOI
-
5D 13C-detected experiments for backbone assignment of unstructured proteins with a very low signal dispersion
Journal of Biomolecular NMR, rok: 2011, ročník: 50, vydání: 1, DOI
-
A new isoflavanone from Iresine herbstii
Fitoterapia, rok: 2011, ročník: 82, vydání: 2, DOI
-
A Prospective Non-invasive Assessment of a Human Embryo Viability Based on Capillary Electrophoresis
Rok: 2011, druh: Konferenční abstrakty
-
Achromobacter marplatensis sp. nov. isolated from a pentachlorophenol-contaminated soil
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, rok: 2011, ročník: 61, vydání: 9, DOI
-
Amino Acids Footprinting Based on Capillary Electrophoresis for Non-invasive Assessment of Human Embryo Viability
Rok: 2011, druh: Konferenční abstrakty
-
Anaerobic ferric iron reduction by acidophilic biomining bacteria
Rok: 2011, druh: Konferenční abstrakty