Informace o projektu
Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
- Kód projektu
- MSM0021622413
- Období řešení
- 1/2005 - 12/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Výzkumné záměry
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Přírodovědecká fakulta
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
- Další fakulta/pracoviště MU
-
Středoevropský technologický institut
- Klíčová slova
- proteiny, vztah struktury a funkce proteinů, komplexy proteinů, proteom, metabolom
Návrh bezprostředně navazuje na předchozí výzkumný záměr "Strukturně funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu", řešený v letech 1998-2004, a zčásti i na projekt "Laboratoř struktury a dynamiky biomolekul" v rámci programu "250" (1996-2000). Klíčovou součástí tohoto výzkumného záměru byla identifikace a charakterizace vybraných bakteriálních proteinů a nízkomolekulárních látek účastnících se metabolismu bakterií a hub. Nově navrhovaný záměr by měl jednak zahrnout i další proteiny z jiných typů organismů, např. živočišné proteiny vážící feromony, ale hlavním přínosem bude rozšíření předmětu zájmu na interakce proteinů s okolím. Řečeno jinak, hlavní inovací bude to, že předmětem zájmu budou komplexy proteinů. Při studiu funkce a regulace enzymů se zaměříme i na rozvoj metod monitorování jejich aktivity za podmínek in vivo analýzou intracelulárních metabolitů. Zapojení odborníků z oblasti instrumentální analytické chemie a experimentální organické chemie a fotochemie umožní neomezovat se na, z pohledu řady metod, „uživatelský přístup“, ale vyvíjet vlastní aktivity k dalšímu rozvoji a implementaci těchto technik v proteomice a metabolomice. Nový záměr bude moci stavět na instrumentální základně, kterou se v minulém období podařilo výrazně posílit. Např. v letech 2001-2002 bylo sdružením prostředků z fondu SZNN MŠMT, minulého výzkumného záměru a grantu GAČR vybudováno moderní pracoviště pro analýzu proteomu, zahrnující dvoudimenzionální elektroforézu, denzitometrii s analýzou obrazu a hmotnostní spektrometrii proteinů. Vynikající je také strukturní a počítačové zázemí projektu, a to jak z hlediska instrumentálního tak z hlediska lidských zdrojů. Výrazně byla inovována molekulárně biologická infrastruktura záměru (např. zřízena nová laboratoř pro studium interakce rostlin s patogeny). Těmito změnami se otevírá pole využití moderních metod genomiky, proteomiky a metabolomiky při akcentaci biochemického a strukturního pohledu na řešenou problematiku. Celková hodnota investičních zařízení, která budou v rámci řešení výzkumného záměru používána, přesahuje částku 100 mil. Kč. Investiční úsilí podávaného výzkumného záměru bude sledovat základní myšlenku udržet alespoň rámcově krok v oblasti instrumentace používané v té části současné moderní biochemie a strukturní biologie, která se zabývá proteiny. K základním cílům výzkumného záměru v oblasti personální bude udržet na fakultě mladé kvalitní výzkumné pracovníky, kteří buď byli fakultou vychováni či na fakultu přišli v rámci vládních programů na posílení výzkumu na vysokých školách či výzkumných center.
Publikace
Počet publikací: 835
2009
-
Léčba hospitalizovaných nemocných s depresí z pohledu současných algoritmů léčby
Alkoholizmus a drogové závislosti, rok: 2009, ročník: 2009, vydání: suppl. 1
-
Localization of recombination proteins and Srs2 reveals anti-recombinase function in vivo
Journal of Cell Biology, rok: 2009, ročník: 185, vydání: 6
-
Metabolism of thyroid hormones in white adipose tissue: Assessment by radiometric enzyme assay
2nd Asian Congress of Radiation Research, rok: 2009, počet stran: 2 s.
-
Molecular modelling studies of Ralstonia solanacearum lectin RS20L
Cukrblik 2009, rok: 2009
-
Nanosecond Time-Dependent Stokes Shift at the Tunnel Mouth of Haloalkane Dehalogenases
JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY, rok: 2009, ročník: 0000, vydání: 131
-
NMR analyses of the receiver domain of CKI1 histidine kinase and its interaction with AHP proteins
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
-
NMR determination of pKa values of indoloquinoline alkaloids
Magnetic Resonance in Chemistry, rok: 2009, ročník: 47, vydání: 11, DOI
-
NMR Quantification of Tautomeric Populations in Biogenic Purine Bases
European Journal of Organic Chemistry, rok: 2009, ročník: 2009, vydání: 9, DOI
-
NMR structural study of N-terminal domain of RNA polymerase delta subunit from Bacillus subtilis
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
-
NMR Structure of the N-Terminal Domain of Capsid Protein from the Mason-Pfizer Monkey Virus
Journal of Molecular Biology, rok: 2009, ročník: 392, vydání: 1