Informace o projektu
Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
- Kód projektu
- MSM0021622413
- Období řešení
- 1/2005 - 12/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Výzkumné záměry
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Přírodovědecká fakulta
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
- Další fakulta/pracoviště MU
-
Středoevropský technologický institut
- Klíčová slova
- proteiny, vztah struktury a funkce proteinů, komplexy proteinů, proteom, metabolom
Návrh bezprostředně navazuje na předchozí výzkumný záměr "Strukturně funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu", řešený v letech 1998-2004, a zčásti i na projekt "Laboratoř struktury a dynamiky biomolekul" v rámci programu "250" (1996-2000). Klíčovou součástí tohoto výzkumného záměru byla identifikace a charakterizace vybraných bakteriálních proteinů a nízkomolekulárních látek účastnících se metabolismu bakterií a hub. Nově navrhovaný záměr by měl jednak zahrnout i další proteiny z jiných typů organismů, např. živočišné proteiny vážící feromony, ale hlavním přínosem bude rozšíření předmětu zájmu na interakce proteinů s okolím. Řečeno jinak, hlavní inovací bude to, že předmětem zájmu budou komplexy proteinů. Při studiu funkce a regulace enzymů se zaměříme i na rozvoj metod monitorování jejich aktivity za podmínek in vivo analýzou intracelulárních metabolitů. Zapojení odborníků z oblasti instrumentální analytické chemie a experimentální organické chemie a fotochemie umožní neomezovat se na, z pohledu řady metod, „uživatelský přístup“, ale vyvíjet vlastní aktivity k dalšímu rozvoji a implementaci těchto technik v proteomice a metabolomice. Nový záměr bude moci stavět na instrumentální základně, kterou se v minulém období podařilo výrazně posílit. Např. v letech 2001-2002 bylo sdružením prostředků z fondu SZNN MŠMT, minulého výzkumného záměru a grantu GAČR vybudováno moderní pracoviště pro analýzu proteomu, zahrnující dvoudimenzionální elektroforézu, denzitometrii s analýzou obrazu a hmotnostní spektrometrii proteinů. Vynikající je také strukturní a počítačové zázemí projektu, a to jak z hlediska instrumentálního tak z hlediska lidských zdrojů. Výrazně byla inovována molekulárně biologická infrastruktura záměru (např. zřízena nová laboratoř pro studium interakce rostlin s patogeny). Těmito změnami se otevírá pole využití moderních metod genomiky, proteomiky a metabolomiky při akcentaci biochemického a strukturního pohledu na řešenou problematiku. Celková hodnota investičních zařízení, která budou v rámci řešení výzkumného záměru používána, přesahuje částku 100 mil. Kč. Investiční úsilí podávaného výzkumného záměru bude sledovat základní myšlenku udržet alespoň rámcově krok v oblasti instrumentace používané v té části současné moderní biochemie a strukturní biologie, která se zabývá proteiny. K základním cílům výzkumného záměru v oblasti personální bude udržet na fakultě mladé kvalitní výzkumné pracovníky, kteří buď byli fakultou vychováni či na fakultu přišli v rámci vládních programů na posílení výzkumu na vysokých školách či výzkumných center.
Publikace
Počet publikací: 835
2009
-
Recognition of phosphorylated CTD of RNA Pol II by Nrd1
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
-
Reference Quantum Chemical Calculations on RNA Base Pairs Directly Involving the 2OH Group of Ribose
Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2009, ročník: 5, vydání: 4
-
Regulation of Rad51 recombinase presynaptic filament assembly via interactions with the Rad52 mediator and the Srs2 anti-recombinase.
J Biol Chem., rok: 2009, ročník: 254, vydání: 12
-
Revealing the mysteries of the RS20L lectin from Ralstonia solanacearum ; a molecular modelling study
XIII. Setkání biochemiků a molekulárních biologů, rok: 2009
-
Role of LecA and LecB Lectins in Pseudomonas aeruginosa-Induced Lung Injury and Effect of Carbohydrate Ligands
INFECTION AND IMMUNITY, rok: 2009, ročník: 77, vydání: 5
-
Screening Of Drug Stability Against Microsomes By Means Of Capillary Electrophoresis
Book of Abstracts 15th American symposium on Biotechnology, Biomedical and Pharmaceutical and Industrial Application of CE and Microchip Technology, rok: 2009
-
Selenoenzymes iodothyronine deiodinases
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
-
Separation of cellular energetically important compounds by CZE in combination with field enhanced stacking
Book of Abstracts 15th American symposium on Biotechnology, Biomedical and Pharmaceutical and Industrial Application of CE and Microchip Technology, rok: 2009
-
Single Stranded Loops of Quadruplex DNA As Key Benchmark for Testing Nucleic Acids Force Fields
Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2009, ročník: 5, vydání: 9
-
Specificity and affinity studies in lectin/ carbohydrate interactions
Carbohydrate Chemistry, vydání: Vyd. 35, rok: 2009, počet stran: 16 s.