Go to main content | Go to main menu | Go to search

Project information
CHROMPLANT

Information

This project doesn't include Institute of Computer Science. It includes Faculty of Science. Official project website can be found on muni.cz.
Project Identification
SIGA 792
Project Period
5/2010 - 12/2012
Investor / Pogramme / Project type
South-Moravian Region
  • SoMoPro
  • Incoming grants
MU Faculty or unit
Faculty of Science

Současný rozvoj velkokapacitního sekvenování a sekvenčních analýz umožňují stále detailnější studium chromatinu. Konkrétně, první počítačový program, který umožňuje na sekvencích DNA mapovat nukleozomy s rozlišením jedné báze, byl vyvinut v Genome Diversity Center, Haifa University. To otvírá jedinečnou možnost studovat trojrozměrnou strukturu a funkci chromatinu. Znalost přesných poloh nukleozomů na sekvenci skutečně umožňuje vypočítat délky linkerů mezi nimi, jejich vzájemnou orientaci, a tudíž lokální architekturu chromatinu. To je zvlášť důležité u chromatinu obsahujícího promotory, telomery, centromery, počátky replikace atd. Tento projekt je specificky zaměřen na studium rostlinného chromatinu. Nejprve bude kvůli počítačovému vytvoření matrice ohebnosti rostlinné DNA sestavena rozsáhlá databáze experimentálně zjištěných sekvencí nukleozomů v laboratoři Jiřího Fajkuse (Masarykova Univerzita), s nímž máme dlouholetou vědeckou spolupráci. Následně bude vyvinuta procedura mapování nukleozomů, podobná programu používanému v současnosti, která bude k dispozici přes veřejně dostupný server. Prostorová rekonstrukce zkoumaných chromatinových úseků na základě přesných nukleozomových map bude provedena původním programem vyvíjeným v Genome Diversity Center. Standardní architektonické prvky rostlinného chromatinu budou poprvé odhaleny s vysokým rozlišením srovnatelným s rentgenovou krystalografií. Sekvenčně determinovaná rekonstrukce prostorové struktury chromatinu bude však možná pro každý úsek přirozeného chromatinu, což nelze provést pomocí krystalografie. Znalost architektury chromatinu promotorů umožní zdůvodnit interakce promotorů s transkripčními faktory, zjistit jejich prostorové rozložení v okolí promotorů a detaily regulace genové exprese. Hostujícím vědcem, který bude projekt realizovat je prof. Edward N. Trifonov.

Publications

Total number of publications: 10

2012

2011

You are running an old browser version. We recommend updating your browser to its latest version.

More info