Knihovna cílených hmotnostně-spektrometrických assays pro proteotypovou klasifikaci trojitě negativních nádorů prsu získaná pomocí timsTOF Pro

Varování

Publikace nespadá pod Ústav výpočetní techniky, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Autoři	LAPČÍK Petr JÍLKOVÁ Kateřina POTĚŠIL David JANÁČOVÁ Lucia BOUCHALOVÁ Pavla HRSTKA Roman NENUTIL Rudolf BOUCHAL Pavel
Rok publikování	2021
Druh	Konferenční abstrakty
Fakulta / Pracoviště MU	Přírodovědecká fakulta
Citace
Popis	Trojitě negativní nádory prsu (TNBC) reprezentují nejagresivnější subtyp nádorů prsu (BC). Jelikož TNBC nádory neexprimují estrogenový, progesteronový ani Her-2 receptor, na které cílí biologická léčba ostatních BC subtypů, pacienty je v současné době možno léčit výhradně systémovou chemoterapií s řadou vedlejších účinků pro pacienty. Subtyp jako takový je navíc molekulárně velmi heterogenní, což ukazují data jak na transkriptové úrovni [1], tak pilotní data na proteinové [2] úrovni. Existuje tedy klinická potřeba zavést přesnější klasifikaci těchto nádorů a identifikovat nové terapeutické cíle pro definované podskupiny TNBC. Proteotypová klasifikace TNBC má přitom potenciál reflektovat fenotyp nádorů lépe než klasifikace na úrovni genové exprese. Pro proteotypovou klasifikaci TNBC máme k dispozici velmi dobře charakterizovaný soubor 108 TNBC nádorů. Lyzáty z nádorových zamražených tkáňových lyzátů byly štěpeny trypsinem, alikvoty byly smíchány, frakcionovány pomocí hydrofilní chromatografie a analyzovány pomocí LC-MS/MS v datově závislém (DDA) módu, jednotlivé lyzáty pak byly analyzovány v datově nezávislém módu (DIA) na hmotnostním spektrometru TimsTOF Pro (Bruker). Pro extrakci kvantitativních dat z DIA fingerprintů byla v programu Spectronaut 15 (Biognosys) vytvořena spektrální knihovna pokrývající 219738 prekurzorů, 151076 peptidů a 11186 proteinových skupin (FDR=1%). S využitím této spektrální knihovny jsme pomocí programu Spectronaut schopni konzistentně kvantifikovat 167625 prekurzorů, 122155 peptidů a 10304 proteinových skupin. Recentně získaná surová data představují dosud nejkonzistentnější pokrytí BC proteomu a budou využita k dalším analýzám s cílem lépe stratifikovat TNBC nádory pro cílenou biologickou terapii.
Související projekty:	Czech Infrastructure for Integrative Structural Biology Podpora biochemického výzkumu v roce 2021