Treponema pallidum susp. pallidum v postgenomické éře
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2004 |
| Druh | Článek v odborném periodiku |
| Časopis / Zdroj | Bulletin Československé společnosti mikrobiologické |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Obor | Genetika a molekulární biologie |
| Klíčová slova | Treponema pallidum susp. pallidum; comparative genomics; functional genomics |
| Popis | Genomy blízce příbuzných patogenních treponem byly porovnány řadou metod komparativní a funkční genomiky. Genom původce syfilis, Treponema pallidum ssp. pallidum (kmen Nichols a SS14), byl porovnán s genomem původce yaws, Treponema pallidum ssp. pertenue (kmen Samoan D a Gauthier) a s genomem spirochety nepatogenní pro člověka, Treponema paraluiscuniculi. Byly použity techniky zahrnující DNA-microarray pro rychlé srovnání blízce příbuzných genomů, identifikace DNA polymorfismů technikou oligonukleotidových DNA-čipů, technika XL PCR amplifikace kompletní genomové DNA s následným restrikčním mapováním PCR produktů a sekvenace genomové DNA pro verifikaci již zjištěných rozdílů a pro sekvenaci odlišných částí genomů. Technikou DNA-microarray a PCR v reálném čase byla také studována exprese treponemálních genů u zástupců jmenovaných poddruhů a druhů v průběhu experimentální infekce králíků (včetně vyšetření treponem izolovaných z kožních lézí). Technika DNA-microarray pro rychlé srovnání blízce příbuzných genomů neprokázala signifikantní rozdíly mezi genomy T. pallidum ssp. pallidum a T. pallidum ssp. pertenue, zato však identifikovala 15 oblastí, které jsou deletovány (anebo jsou sekvenčně odlišné) v genomu T. paraluiscuniculi. Identifikace DNA polymorfismů technikou oligonukleotidových DNA-čipů v genomu T. pallidum ssp. pertenue (kmen Gauthier) prokázala přítomnost 20 sekvenčně odlišných oblastí v délce od několika nukleotidů do 2 kb a dalších 231 polymorfismů. Metoda XL PCR amplifikace kompletní genomové DNA s následným restrikčním mapováním byla použita pro verifikaci rozdílů zjištěných pomocí techniky DNA čipů. Sekvenace genomové DNA byla použita pro stanovení frekvence výskytu DNA polymorfismů u T. paraluiscuniculi, kde odhalila jejich asi desetinásobně častější výskyt oproti poddruhům T. pallidum ssp. pertenue. Zjišťování úrovně genové exprese identifikovalo geny s výrazně odlišnou aktivitou u jednotlivých zástupců např. u některých tpr genů. Zjištěné rozdíly v genomové struktuře vyšetřených kmenů budou využity pro vysvětlení rozdílného patogenního potenciálu jednotlivých kmenů pro člověka a pro navržení sekvenčně-specifické DNA diagnostiky. |
| Související projekty: |