Informace o projektu
Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
- Kód projektu
- MSM0021622413
- Období řešení
- 1/2005 - 12/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Výzkumné záměry
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Přírodovědecká fakulta
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
- Další fakulta/pracoviště MU
-
Středoevropský technologický institut
- Klíčová slova
- proteiny, vztah struktury a funkce proteinů, komplexy proteinů, proteom, metabolom
Návrh bezprostředně navazuje na předchozí výzkumný záměr "Strukturně funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu", řešený v letech 1998-2004, a zčásti i na projekt "Laboratoř struktury a dynamiky biomolekul" v rámci programu "250" (1996-2000). Klíčovou součástí tohoto výzkumného záměru byla identifikace a charakterizace vybraných bakteriálních proteinů a nízkomolekulárních látek účastnících se metabolismu bakterií a hub. Nově navrhovaný záměr by měl jednak zahrnout i další proteiny z jiných typů organismů, např. živočišné proteiny vážící feromony, ale hlavním přínosem bude rozšíření předmětu zájmu na interakce proteinů s okolím. Řečeno jinak, hlavní inovací bude to, že předmětem zájmu budou komplexy proteinů. Při studiu funkce a regulace enzymů se zaměříme i na rozvoj metod monitorování jejich aktivity za podmínek in vivo analýzou intracelulárních metabolitů. Zapojení odborníků z oblasti instrumentální analytické chemie a experimentální organické chemie a fotochemie umožní neomezovat se na, z pohledu řady metod, „uživatelský přístup“, ale vyvíjet vlastní aktivity k dalšímu rozvoji a implementaci těchto technik v proteomice a metabolomice. Nový záměr bude moci stavět na instrumentální základně, kterou se v minulém období podařilo výrazně posílit. Např. v letech 2001-2002 bylo sdružením prostředků z fondu SZNN MŠMT, minulého výzkumného záměru a grantu GAČR vybudováno moderní pracoviště pro analýzu proteomu, zahrnující dvoudimenzionální elektroforézu, denzitometrii s analýzou obrazu a hmotnostní spektrometrii proteinů. Vynikající je také strukturní a počítačové zázemí projektu, a to jak z hlediska instrumentálního tak z hlediska lidských zdrojů. Výrazně byla inovována molekulárně biologická infrastruktura záměru (např. zřízena nová laboratoř pro studium interakce rostlin s patogeny). Těmito změnami se otevírá pole využití moderních metod genomiky, proteomiky a metabolomiky při akcentaci biochemického a strukturního pohledu na řešenou problematiku. Celková hodnota investičních zařízení, která budou v rámci řešení výzkumného záměru používána, přesahuje částku 100 mil. Kč. Investiční úsilí podávaného výzkumného záměru bude sledovat základní myšlenku udržet alespoň rámcově krok v oblasti instrumentace používané v té části současné moderní biochemie a strukturní biologie, která se zabývá proteiny. K základním cílům výzkumného záměru v oblasti personální bude udržet na fakultě mladé kvalitní výzkumné pracovníky, kteří buď byli fakultou vychováni či na fakultu přišli v rámci vládních programů na posílení výzkumu na vysokých školách či výzkumných center.
Publikace
Počet publikací: 835
2010
-
Methods of directed evolution of PA-IIL lectin
Rok: 2010, druh: Konferenční abstrakty
-
Microbial targeted metabolome analysis of common nucleotides and coenzymes by capillary electrophoresis
Final Program and Book of Abstracts, rok: 2010
-
Mobilization and phytotoxicity of iron under conditions of bacterial oxidation of iron sulfides
Rok: 2010, druh: Konferenční abstrakty
-
Modulation of type I iodothyronine 5´-deiodinase activity in white adipose tissue by nutrition: Possible involvement of leptin
Physiological Research, rok: 2010, ročník: 59, vydání: 4
-
Molecular dynamics simulations suggest that RNA three-way junctions can act as flexible RNA structural elements in the ribosome
Nucleic Acids Research, rok: 2010, ročník: 38, vydání: 18
-
Monitoring of Cytochrome P450 2C9 isoform reaction with Diclofenac by In-Capillary System based on Transverse Diffusion of Laminar Flow Profiles
Book of Abtracts 16th Latin-American Symposium LACE 2010, rok: 2010
-
NMR as a tool for studies of (partially) disordered proteins and their interactions
Rok: 2010, druh: Konferenční abstrakty
-
Novel lectins from Aspergillus fumigatus
Rok: 2010, druh: Konferenční abstrakty
-
On the Role of the cis Hoogsteen:Sugar-Edge Family of Base Pairs in Platforms and Triplets: Quantum Chemical Insights into RNA Structural Biology
Jouranl of Physical Chemistry B, rok: 2010, ročník: 114, vydání: -
-
On-line drug metabolites generation and their subsequent target analysis by capillary zone electrophoresis with UV-absorption detection
Electrophoresis, rok: 2010, ročník: 31, vydání: 19