Informace o projektu
Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
- Kód projektu
- MSM0021622413
- Období řešení
- 1/2005 - 12/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Výzkumné záměry
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Přírodovědecká fakulta
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
- Další fakulta/pracoviště MU
-
Středoevropský technologický institut
- Klíčová slova
- proteiny, vztah struktury a funkce proteinů, komplexy proteinů, proteom, metabolom
Návrh bezprostředně navazuje na předchozí výzkumný záměr "Strukturně funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu", řešený v letech 1998-2004, a zčásti i na projekt "Laboratoř struktury a dynamiky biomolekul" v rámci programu "250" (1996-2000). Klíčovou součástí tohoto výzkumného záměru byla identifikace a charakterizace vybraných bakteriálních proteinů a nízkomolekulárních látek účastnících se metabolismu bakterií a hub. Nově navrhovaný záměr by měl jednak zahrnout i další proteiny z jiných typů organismů, např. živočišné proteiny vážící feromony, ale hlavním přínosem bude rozšíření předmětu zájmu na interakce proteinů s okolím. Řečeno jinak, hlavní inovací bude to, že předmětem zájmu budou komplexy proteinů. Při studiu funkce a regulace enzymů se zaměříme i na rozvoj metod monitorování jejich aktivity za podmínek in vivo analýzou intracelulárních metabolitů. Zapojení odborníků z oblasti instrumentální analytické chemie a experimentální organické chemie a fotochemie umožní neomezovat se na, z pohledu řady metod, „uživatelský přístup“, ale vyvíjet vlastní aktivity k dalšímu rozvoji a implementaci těchto technik v proteomice a metabolomice. Nový záměr bude moci stavět na instrumentální základně, kterou se v minulém období podařilo výrazně posílit. Např. v letech 2001-2002 bylo sdružením prostředků z fondu SZNN MŠMT, minulého výzkumného záměru a grantu GAČR vybudováno moderní pracoviště pro analýzu proteomu, zahrnující dvoudimenzionální elektroforézu, denzitometrii s analýzou obrazu a hmotnostní spektrometrii proteinů. Vynikající je také strukturní a počítačové zázemí projektu, a to jak z hlediska instrumentálního tak z hlediska lidských zdrojů. Výrazně byla inovována molekulárně biologická infrastruktura záměru (např. zřízena nová laboratoř pro studium interakce rostlin s patogeny). Těmito změnami se otevírá pole využití moderních metod genomiky, proteomiky a metabolomiky při akcentaci biochemického a strukturního pohledu na řešenou problematiku. Celková hodnota investičních zařízení, která budou v rámci řešení výzkumného záměru používána, přesahuje částku 100 mil. Kč. Investiční úsilí podávaného výzkumného záměru bude sledovat základní myšlenku udržet alespoň rámcově krok v oblasti instrumentace používané v té části současné moderní biochemie a strukturní biologie, která se zabývá proteiny. K základním cílům výzkumného záměru v oblasti personální bude udržet na fakultě mladé kvalitní výzkumné pracovníky, kteří buď byli fakultou vychováni či na fakultu přišli v rámci vládních programů na posílení výzkumu na vysokých školách či výzkumných center.
Publikace
Počet publikací: 835
2010
-
Optimalizace separačních podmínek a vývoj metody EMMA pro "in-capillary" studium enzymové aktivity CYP2C9 s diklofenakem
Chiranal 2010, rok: 2010
-
Optimization of capillary electrophoretic method for determination of physiologically relevant nucleotides and coenzymes in cell extract
CHEMICA 47S, rok: 2010
-
Orthogonal Photocleavage of a Monochromophoric Linker
Journal of the American Chemical Society, rok: 2010, ročník: 132, vydání: 33
-
Phosphorus Chemical Shifts in a Nucleic Acid Backbone from Combined Molecular Dynamics and Density Functional Calculations
The Journal of the American Chemical Society, rok: 2010, ročník: 132, vydání: 48
-
Photoenolization-Induced Oxirane Ring Opening in 2,5-Dimethylbenzoyl Oxiranes To Form Pharmaceutically Promising Indanone Derivatives
Journal of Organic Chemistry, rok: 2010, ročník: 75, vydání: 21
-
Polymorfizmus genu pro OPRM1 má vztah ke schizofrenii: nový kandidátní gen
Česká a Slovenská Psychiatrie, rok: 2010, ročník: 106, vydání: 2
-
Protein Engineering of Biocatalysts
Rok: 2010, druh: Vyžádané přednášky
-
Proteiny Aspergillus fumigatus zapojené do interakce s hostitelem
Chemické listy, rok: 2010, ročník: 104, vydání: 5
-
Přímá kvantitativní analýza v HPLC-MS (bez izotopového značení)
Rok: 2010, druh: Vyžádané přednášky
-
Rad52 SUMOylation affects the efficiency of the DNA repair
Nucleic Acids Research, rok: 2010, ročník: 38, vydání: 6