Informace o projektu
Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
- Kód projektu
- MSM0021622413
- Období řešení
- 1/2005 - 12/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Výzkumné záměry
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Přírodovědecká fakulta
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
- Další fakulta/pracoviště MU
-
Středoevropský technologický institut
- Klíčová slova
- proteiny, vztah struktury a funkce proteinů, komplexy proteinů, proteom, metabolom
Návrh bezprostředně navazuje na předchozí výzkumný záměr "Strukturně funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu", řešený v letech 1998-2004, a zčásti i na projekt "Laboratoř struktury a dynamiky biomolekul" v rámci programu "250" (1996-2000). Klíčovou součástí tohoto výzkumného záměru byla identifikace a charakterizace vybraných bakteriálních proteinů a nízkomolekulárních látek účastnících se metabolismu bakterií a hub. Nově navrhovaný záměr by měl jednak zahrnout i další proteiny z jiných typů organismů, např. živočišné proteiny vážící feromony, ale hlavním přínosem bude rozšíření předmětu zájmu na interakce proteinů s okolím. Řečeno jinak, hlavní inovací bude to, že předmětem zájmu budou komplexy proteinů. Při studiu funkce a regulace enzymů se zaměříme i na rozvoj metod monitorování jejich aktivity za podmínek in vivo analýzou intracelulárních metabolitů. Zapojení odborníků z oblasti instrumentální analytické chemie a experimentální organické chemie a fotochemie umožní neomezovat se na, z pohledu řady metod, „uživatelský přístup“, ale vyvíjet vlastní aktivity k dalšímu rozvoji a implementaci těchto technik v proteomice a metabolomice. Nový záměr bude moci stavět na instrumentální základně, kterou se v minulém období podařilo výrazně posílit. Např. v letech 2001-2002 bylo sdružením prostředků z fondu SZNN MŠMT, minulého výzkumného záměru a grantu GAČR vybudováno moderní pracoviště pro analýzu proteomu, zahrnující dvoudimenzionální elektroforézu, denzitometrii s analýzou obrazu a hmotnostní spektrometrii proteinů. Vynikající je také strukturní a počítačové zázemí projektu, a to jak z hlediska instrumentálního tak z hlediska lidských zdrojů. Výrazně byla inovována molekulárně biologická infrastruktura záměru (např. zřízena nová laboratoř pro studium interakce rostlin s patogeny). Těmito změnami se otevírá pole využití moderních metod genomiky, proteomiky a metabolomiky při akcentaci biochemického a strukturního pohledu na řešenou problematiku. Celková hodnota investičních zařízení, která budou v rámci řešení výzkumného záměru používána, přesahuje částku 100 mil. Kč. Investiční úsilí podávaného výzkumného záměru bude sledovat základní myšlenku udržet alespoň rámcově krok v oblasti instrumentace používané v té části současné moderní biochemie a strukturní biologie, která se zabývá proteiny. K základním cílům výzkumného záměru v oblasti personální bude udržet na fakultě mladé kvalitní výzkumné pracovníky, kteří buď byli fakultou vychováni či na fakultu přišli v rámci vládních programů na posílení výzkumu na vysokých školách či výzkumných center.
Publikace
Počet publikací: 835
2008
-
Recombinant enzyme haloalkane dehalogenase LinB
Rok: 2008
-
Re-examination of the rationale for the use of bipyridylium cation radicals as site-specific electron donors for respiratory nitrate reduction
Rok: 2008, druh: Konferenční abstrakty
-
Regulatory Phosphorylations of Cyclin-Dependent Kinase 2: An Insight from the Molecular Dynamics Simulations
Journal of Molecular Modeling, rok: 2008, ročník: 14, vydání: 8
-
Role of interaction od Rad54 with Mus81/MMS4 during DNA repair
Rok: 2008, druh: Prezentace v oblasti VaV (AV tvorba, WEB aplikace apod.)
-
Role of SRS2 and Mus81/MMS4 in processing recombination/replication intermediates .
Rok: 2008, druh: Prezentace v oblasti VaV (AV tvorba, WEB aplikace apod.)
-
Second Step of Hydrolytic Dehalogenation in Haloalkane Dehalogenase Investigated by QM/MM Methods
Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, rok: 2008, ročník: 70, vydání: 000
-
Semi-Rational Engineering of Haloalkane Dehalogenases DHAA Towards Improved Activity with 1,2-Dichloroethane
Rok: 2008, druh: Další prezentace na konferencích
-
Sensitization of B-CLL lymphocytes, quest for a protein marker. Which mass spectrometry quantitative technique will give answer?
Rok: 2008, druh: Konferenční abstrakty
-
Significance of AMP-activated protein kinase for the effect of leptin
Physiological Research, rok: 2008, ročník: 57, vydání: 4
-
Simultaneous use of 82Br and 24Na radionuclides in the whole-body counting of animals by high-resolution gamma-ray spectrometry
Journal of Radioanalytical and Nuclear Chemistry [IF = 0.659 (2008)] DOI: 10.1007/s10967-008-1007-x, rok: 2008, ročník: 278, vydání: 3