Informace o projektu
Specifické iontové efekty pro proteiny v roztocích a podobné biologicky relevantní systémy
- Kód projektu
- GA203/08/0114
- Období řešení
- 1/2008 - 12/2012
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Standardní projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
- Přírodovědecká fakulta
- Klíčová slova
- ionty solí, enzymatické reakce, membrány, molekulová dynamika, fluorescenční spektroskopie
- Spolupracující organizace
-
Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského AV ČR, v. v. i.
- Odpovědná osoba doc. Martin Hof, Dr.
- Odpovědná osoba Doc. Mgr. Pavel Jungwirth, CSc.
- Odpovědná osoba Doc. RNDr. Rüdiger Ettrich, Ph.D.
Mechanismus hydratace iontů a interakce iontů s biomolekulami hrají důležitou roli v mnoha přírodních a biotechnologických procesech. V rámci tohoto projektu plánujeme kombinovat výpočetní a experimentální nástroje s cílem dojít k základnímu porozumění těchto interakcí na molekulové úrovni. Soustředíme se na iontově specifické interakce s proteiny ve vodných a nevodných roztocích a na lipidových membránách. Pečlivě naplánované simulace molekulové dynamiky a expeerimenty nám vposledu dovolí formulovat obecná pravidla, řídící interakce biologicky relevantních iontů se solvatovanými proteiny a membránami, a racionalizovat iontové efekty na aktivitu enzymů.
Publikace
Počet publikací: 37
2014
-
Retro operation on the Trp-cage miniprotein sequence produces an unstructured molecule capable of folding similar to the original only upon 2,2,2-trifluoroethanol addition
PROTEIN ENGINEERING DESIGN & SELECTION, rok: 2014, ročník: 27, vydání: 12, DOI
2013
-
Engineering Enzyme Stability and Resistance to an Organic Cosolvent by Modification of Residues in the Access Tunnel
Angewandte Chemie International Edition, rok: 2013, ročník: 52, vydání: 7, DOI
-
Expansion of Access Tunnels and Active-Site Cavities Influence Activity of Haloalkane Dehalogenases in Organic Cosolvents.
ChemBioChem, rok: 2013, ročník: 14, vydání: 7, DOI
-
Haloalkane dehalogenases: Biotechnological applications
Biotechnology Journal, rok: 2013, ročník: 8, vydání: 1, DOI
-
Interaction of Organic Solvents with Protein Structures at Protein-Solvent Interface
Journal of Molecular Modeling, rok: 2013, ročník: 19, vydání: 11, DOI
-
Novosphingobium barchaimii sp nov., isolated from hexachlorocyclohexane-contaminated soil
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, rok: 2013, ročník: 63, vydání: Part 2, DOI
-
Organic Co-solvents Affect Activity, Stability and Enantioselectivity of Haloalkane Dehalogenases
Biotechnology Journal, rok: 2013, ročník: 8, vydání: 6, DOI
-
Sphingobium baderi sp nov., isolated from a hexachlorocyclohexane dump site
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, rok: 2013, ročník: 63, vydání: Part 2, DOI
-
Sphingobium czechense sp nov., isolated from a hexachlorocyclohexane dump site
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, rok: 2013, ročník: 63, vydání: Part 2, DOI
2011
-
Computer-Assisted Enzyme Engineering by Modification of Tunnels, Channels and Gates.
Rok: 2011, druh: Další prezentace na konferencích