Informace o projektu
Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
- Kód projektu
- MSM0021622413
- Období řešení
- 1/2005 - 12/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Výzkumné záměry
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Přírodovědecká fakulta
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
- Další fakulta/pracoviště MU
-
Středoevropský technologický institut
- Klíčová slova
- proteiny, vztah struktury a funkce proteinů, komplexy proteinů, proteom, metabolom
Návrh bezprostředně navazuje na předchozí výzkumný záměr "Strukturně funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu", řešený v letech 1998-2004, a zčásti i na projekt "Laboratoř struktury a dynamiky biomolekul" v rámci programu "250" (1996-2000). Klíčovou součástí tohoto výzkumného záměru byla identifikace a charakterizace vybraných bakteriálních proteinů a nízkomolekulárních látek účastnících se metabolismu bakterií a hub. Nově navrhovaný záměr by měl jednak zahrnout i další proteiny z jiných typů organismů, např. živočišné proteiny vážící feromony, ale hlavním přínosem bude rozšíření předmětu zájmu na interakce proteinů s okolím. Řečeno jinak, hlavní inovací bude to, že předmětem zájmu budou komplexy proteinů. Při studiu funkce a regulace enzymů se zaměříme i na rozvoj metod monitorování jejich aktivity za podmínek in vivo analýzou intracelulárních metabolitů. Zapojení odborníků z oblasti instrumentální analytické chemie a experimentální organické chemie a fotochemie umožní neomezovat se na, z pohledu řady metod, „uživatelský přístup“, ale vyvíjet vlastní aktivity k dalšímu rozvoji a implementaci těchto technik v proteomice a metabolomice. Nový záměr bude moci stavět na instrumentální základně, kterou se v minulém období podařilo výrazně posílit. Např. v letech 2001-2002 bylo sdružením prostředků z fondu SZNN MŠMT, minulého výzkumného záměru a grantu GAČR vybudováno moderní pracoviště pro analýzu proteomu, zahrnující dvoudimenzionální elektroforézu, denzitometrii s analýzou obrazu a hmotnostní spektrometrii proteinů. Vynikající je také strukturní a počítačové zázemí projektu, a to jak z hlediska instrumentálního tak z hlediska lidských zdrojů. Výrazně byla inovována molekulárně biologická infrastruktura záměru (např. zřízena nová laboratoř pro studium interakce rostlin s patogeny). Těmito změnami se otevírá pole využití moderních metod genomiky, proteomiky a metabolomiky při akcentaci biochemického a strukturního pohledu na řešenou problematiku. Celková hodnota investičních zařízení, která budou v rámci řešení výzkumného záměru používána, přesahuje částku 100 mil. Kč. Investiční úsilí podávaného výzkumného záměru bude sledovat základní myšlenku udržet alespoň rámcově krok v oblasti instrumentace používané v té části současné moderní biochemie a strukturní biologie, která se zabývá proteiny. K základním cílům výzkumného záměru v oblasti personální bude udržet na fakultě mladé kvalitní výzkumné pracovníky, kteří buď byli fakultou vychováni či na fakultu přišli v rámci vládních programů na posílení výzkumu na vysokých školách či výzkumných center.
Publikace
Počet publikací: 837
2009
-
C-13 Chemical Shifts – Structure Relationships In Nucleic Acids
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
-
Capillary zone electrophoresis with field enhanced sample stacking as a tool for targeted metabolome analysis of adenine nucleotides and coenzymes in Paracoccus denitrificans
Journal of Separation Science, rok: 2009, ročník: 32, vydání: 14
-
Combination of several bioinformatics approaches for the identification of new putative glycosyltransferases in Arabidopsis
Journal of Proteome Research, rok: 2009, ročník: 8, vydání: 2
-
Competing Pathways in the Photo-Favorskii Rearrangement and Release of Esters: Studies on Fluorinated p-Hydroxyphenacyl-Caged GABA and Glutamate Phototriggers
JOURNAL OF ORGANIC CHEMISTRY, rok: 2009, ročník: 74, vydání: 15
-
Computational Tools for Designing and Engineering Biocatalysts.
CURRENT OPINION IN BIOLOGICAL CHEMISTRY, rok: 2009, ročník: 1, vydání: 13
-
Computer-Assisted Engineering of Biomolecules
Rok: 2009, druh: Vyžádané přednášky
-
Construction of mutant lectins from Chromobacterium violaceum and study of changes in their binding properties
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
-
Co-operativity of Mus81-Mms4 with Rad54 in the resolution of recombination and replication intermediates.
J Biol Chem., rok: 2009, ročník: 284, vydání: 12
-
CRACKING THE LECTIN CODE ; IN SILICO MODELING AND STRUCTURE-FUNCTIONAL STUDY OF PRINCIPLES DRIVING SUGAR PREFERENCE IN PAIIL FAMILY
FEBS Journal, rok: 2009
-
CV-IIL lectin : an ideal helper for understanding mutation-caused binding preference changes in the PA-IIL lectin family
The FEBS Journal, rok: 2009