Informace o projektu
Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
- Kód projektu
- MSM0021622413
- Období řešení
- 1/2005 - 12/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Výzkumné záměry
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Přírodovědecká fakulta
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
- Další fakulta/pracoviště MU
-
Středoevropský technologický institut
- Klíčová slova
- proteiny, vztah struktury a funkce proteinů, komplexy proteinů, proteom, metabolom
Návrh bezprostředně navazuje na předchozí výzkumný záměr "Strukturně funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu", řešený v letech 1998-2004, a zčásti i na projekt "Laboratoř struktury a dynamiky biomolekul" v rámci programu "250" (1996-2000). Klíčovou součástí tohoto výzkumného záměru byla identifikace a charakterizace vybraných bakteriálních proteinů a nízkomolekulárních látek účastnících se metabolismu bakterií a hub. Nově navrhovaný záměr by měl jednak zahrnout i další proteiny z jiných typů organismů, např. živočišné proteiny vážící feromony, ale hlavním přínosem bude rozšíření předmětu zájmu na interakce proteinů s okolím. Řečeno jinak, hlavní inovací bude to, že předmětem zájmu budou komplexy proteinů. Při studiu funkce a regulace enzymů se zaměříme i na rozvoj metod monitorování jejich aktivity za podmínek in vivo analýzou intracelulárních metabolitů. Zapojení odborníků z oblasti instrumentální analytické chemie a experimentální organické chemie a fotochemie umožní neomezovat se na, z pohledu řady metod, „uživatelský přístup“, ale vyvíjet vlastní aktivity k dalšímu rozvoji a implementaci těchto technik v proteomice a metabolomice. Nový záměr bude moci stavět na instrumentální základně, kterou se v minulém období podařilo výrazně posílit. Např. v letech 2001-2002 bylo sdružením prostředků z fondu SZNN MŠMT, minulého výzkumného záměru a grantu GAČR vybudováno moderní pracoviště pro analýzu proteomu, zahrnující dvoudimenzionální elektroforézu, denzitometrii s analýzou obrazu a hmotnostní spektrometrii proteinů. Vynikající je také strukturní a počítačové zázemí projektu, a to jak z hlediska instrumentálního tak z hlediska lidských zdrojů. Výrazně byla inovována molekulárně biologická infrastruktura záměru (např. zřízena nová laboratoř pro studium interakce rostlin s patogeny). Těmito změnami se otevírá pole využití moderních metod genomiky, proteomiky a metabolomiky při akcentaci biochemického a strukturního pohledu na řešenou problematiku. Celková hodnota investičních zařízení, která budou v rámci řešení výzkumného záměru používána, přesahuje částku 100 mil. Kč. Investiční úsilí podávaného výzkumného záměru bude sledovat základní myšlenku udržet alespoň rámcově krok v oblasti instrumentace používané v té části současné moderní biochemie a strukturní biologie, která se zabývá proteiny. K základním cílům výzkumného záměru v oblasti personální bude udržet na fakultě mladé kvalitní výzkumné pracovníky, kteří buď byli fakultou vychováni či na fakultu přišli v rámci vládních programů na posílení výzkumu na vysokých školách či výzkumných center.
Publikace
Počet publikací: 837
2009
-
Electron Density Shift in Imidazolium Derivatives upon Complexation with Cucurbit[6]uril
Chemistry - A European Journal, rok: 2009, ročník: 15, vydání: 28, DOI
-
Engineering of tunnels in proteins with buried active sites
Rok: 2009, druh: Vyžádané přednášky
-
Erektilní dysfunkce a paraoxonáza: výsledky analýzy z DNA čipu
Psychiatrie, rok: 2009, ročník: 2009, vydání: Suppl. 2
-
Experimental and quantum-chemical studies of 1H, 13C and 15N NMR coordination shifts in Au(III), Pd(II) and Pt(II) chloride complexes with picolines
Magnetic Resonance in Chemistry, rok: 2009, ročník: 47, vydání: 3
-
Extremely sensitive determination of iodothyronine deiodinase enzyme activities
Trace Elements in Human: New Perspectives (Pollet S., ed.), rok: 2009, počet stran: 8 s.
-
Extremely sensitive determination of iodothyronine deiodinase enzyme activities.
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
-
FastGrid -- The Accelerated AutoGrid Potential Maps Generation for Molecular Docking
MEMICS 2009: Fifth Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science, rok: 2009
-
FastGrid -- The Accelerated Computation of Potential Maps for Molecular Docking
Rok: 2009
-
Ferric reductase A is essential for effective iron acquisition in Paracoccus denitrificans.
Microbiology-SGM, rok: 2009, ročník: 155, vydání: 4
-
Free energy calculations on Pseudomonas aeruginosa lectin PA-IIL complexed with various carbohydrates
Current chemistry and biochemistry of carbohydrates, rok: 2009