Informace o projektu
Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
- Kód projektu
- MSM0021622413
- Období řešení
- 1/2005 - 12/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Výzkumné záměry
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Přírodovědecká fakulta
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
- Další fakulta/pracoviště MU
-
Středoevropský technologický institut
- Klíčová slova
- proteiny, vztah struktury a funkce proteinů, komplexy proteinů, proteom, metabolom
Návrh bezprostředně navazuje na předchozí výzkumný záměr "Strukturně funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu", řešený v letech 1998-2004, a zčásti i na projekt "Laboratoř struktury a dynamiky biomolekul" v rámci programu "250" (1996-2000). Klíčovou součástí tohoto výzkumného záměru byla identifikace a charakterizace vybraných bakteriálních proteinů a nízkomolekulárních látek účastnících se metabolismu bakterií a hub. Nově navrhovaný záměr by měl jednak zahrnout i další proteiny z jiných typů organismů, např. živočišné proteiny vážící feromony, ale hlavním přínosem bude rozšíření předmětu zájmu na interakce proteinů s okolím. Řečeno jinak, hlavní inovací bude to, že předmětem zájmu budou komplexy proteinů. Při studiu funkce a regulace enzymů se zaměříme i na rozvoj metod monitorování jejich aktivity za podmínek in vivo analýzou intracelulárních metabolitů. Zapojení odborníků z oblasti instrumentální analytické chemie a experimentální organické chemie a fotochemie umožní neomezovat se na, z pohledu řady metod, „uživatelský přístup“, ale vyvíjet vlastní aktivity k dalšímu rozvoji a implementaci těchto technik v proteomice a metabolomice. Nový záměr bude moci stavět na instrumentální základně, kterou se v minulém období podařilo výrazně posílit. Např. v letech 2001-2002 bylo sdružením prostředků z fondu SZNN MŠMT, minulého výzkumného záměru a grantu GAČR vybudováno moderní pracoviště pro analýzu proteomu, zahrnující dvoudimenzionální elektroforézu, denzitometrii s analýzou obrazu a hmotnostní spektrometrii proteinů. Vynikající je také strukturní a počítačové zázemí projektu, a to jak z hlediska instrumentálního tak z hlediska lidských zdrojů. Výrazně byla inovována molekulárně biologická infrastruktura záměru (např. zřízena nová laboratoř pro studium interakce rostlin s patogeny). Těmito změnami se otevírá pole využití moderních metod genomiky, proteomiky a metabolomiky při akcentaci biochemického a strukturního pohledu na řešenou problematiku. Celková hodnota investičních zařízení, která budou v rámci řešení výzkumného záměru používána, přesahuje částku 100 mil. Kč. Investiční úsilí podávaného výzkumného záměru bude sledovat základní myšlenku udržet alespoň rámcově krok v oblasti instrumentace používané v té části současné moderní biochemie a strukturní biologie, která se zabývá proteiny. K základním cílům výzkumného záměru v oblasti personální bude udržet na fakultě mladé kvalitní výzkumné pracovníky, kteří buď byli fakultou vychováni či na fakultu přišli v rámci vládních programů na posílení výzkumu na vysokých školách či výzkumných center.
Publikace
Počet publikací: 837
2009
-
ATP measurements in iron-oxidizing Acidithiobacillus ferrooxidans
Advanced Materials Research, rok: 2009, ročník: 71-73, vydání: 6
-
Backbone 1H, 13C, and 15N NMR assignment for the inactive form of the retroviral protease of the murine intracisternal A-type particle, inMIA-14 PR
Biomolecular NMR Assignments, rok: 2009, ročník: 3, vydání: 2
-
Biomarker discovery - Detection of minor protein concentration changes using ICPL protein labeling and 2D GE
Rok: 2009, druh: Prezentace v oblasti VaV (AV tvorba, WEB aplikace apod.)
-
Biomarker discovery in low-grade breast cancer using isobaric stable isotope tags and two-dimensional liquid chromatography-tandem mass spectrometry (iTRAQ-2DLC-MS/MS) based quantitative proteomic analysis
Journal of Proteome Research, rok: 2009, ročník: 8, vydání: 1, DOI
-
Biphasic influence of exogenous bromide on the thyroid peroxidase activity
Journal of Physiological Sciences [IF=0.973 (2008)], rok: 2009, ročník: 59, vydání: Suppl. 1
-
Biphasic influence of exogenous bromide on the thyroid peroxidase activity
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
-
Bromide interference with iodine metabolism: Goitrogenic and whole-body effects of excessive inorganic bromide in the rat (Chapter 61 in the book: Comprehensive Handbook of Iodine).
Comprehensive Handbook of Iodine. Nutritional, Biochemical, Pathological and Therapeutic Aspects. Edited by Victor R. Preedy, Gerard N. Burrow and Ronald Watson., rok: 2009, počet stran: 9 s.
-
Burkholderia cenocepacia and its novel two domain superlectin
the FEBS Journal, rok: 2009
-
Burkholderia cenocepacia lectin D - protein of two faces?
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
-
Burkholderia cenocepacia lectin with dual binding specificity
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty