Informace o projektu
Studium genomů patogenních treponem na základě analýzy jednotlivých buněk

Informace

Projekt nespadá pod Ústav výpočetní techniky, ale pod Lékařskou fakultu. Oficiální stránka projektu je na webu muni.cz.

Kód projektu

GA17-25455S

Období řešení

1/2017 - 12/2019

Investor / Programový rámec / typ projektu

Grantová agentura ČR

Standardní projekty

Fakulta / Pracoviště MU

Lékařská fakulta

Rod Treponema zahrnuje řadu lidských a zvířecích patogenních druhů a poddruhů, které způsobují syfilis (T. pallidum ssp. pallidum), yaws (T. pallidum ssp. pertenue), endemickou syfilis (T. pallidum ssp. endemicum) a pintu (T. carateum). Základním záměrem projektu je vývoj technik založených na analýze jednotlivých buněk pro získání celogenomových sekvencí patogenních treponem. Vzhledem k vlastnostem genomů treponem plánujeme získat vysoce kvalitní celogenomové sekvence včetně sekvencí paralogních a repetitivních oblastí. Genomové sekvence pomohou v objasnění treponemální virulence, adaptace na prostředí hostitelského organismu a také jejich evoluce. Specifické cíle projektu zahrnují vývoj technik založených na analýze jednotlivých buněk, genomové sekvenování přímo z klinického materiálu a analýzu genomů získaných z jednotlivých buněk s ohledem na přítomnost geneticky variabilních míst v populaci treponem. Plánujeme vyšetřit více než 30 treponemálních genomů a 30 genomů získaných z individuálních treponemálních buněk.

Publikace

Počet publikací: 20

2018

Complete genome sequences of two strains of Treponema pallidum subsp pertenue from Indonesia: Modular structure of several treponemal genes

STROUHAL Michal PAŠTĚKOVÁ Lenka HAVIERNIK Jan KNAUF Sascha BRUISTEN Sylvia NOORDHOEK Gerda T. OPPELT Jan ČEJKOVÁ Darina ŠMAJS David

Článek v odborném periodiku

PLoS neglected tropical diseases, rok: 2018, ročník: 12, vydání: 10, DOI
Genetics of human and animal uncultivable treponemal pathogens

ŠMAJS David STROUHAL Michal KNAUF Sascha

Článek v odborném periodiku

Infection, Genetics and Evolution, rok: 2018, ročník: 61, vydání: JUL 2018, DOI
Molecular characterization of Treponema pallidum subsp pallidum in Switzerland and France with a new multilocus sequence typing scheme

GRILLOVÁ Linda BAWA Tanika PAŠTĚKOVÁ Lenka GAYET-AGERON Angele NIESELT Kay STROUHAL Michal SEDNAOUI Patrice FERRY Tristan CAVASSINI Matthias LAUTENSCHLAGER Stephan DUTLY Fabrizio PLA-DIAZ Marta KRUTZEN Michael GONZALEZ-CANDELAS Fernando BAGHERI Homayoun C. ŠMAJS David ARORA Natascha BOSSHARD Philipp P.

Článek v odborném periodiku

Plos one, rok: 2018, ročník: 13, vydání: 7, DOI
Multi-locus sequence typing of Treponema pallidum subsp pallidum present in clinical samples from France: Infecting treponemes are genetically diverse and belong to 18 allelic profiles

POSPÍŠILOVÁ Petra GRANGE Philippe Alain GRILLOVÁ Linda PAŠTĚKOVÁ Lenka MARTINET Pervenche JANIER Michel VERMERSCH Annie BENHADDOU Nadjet DEL GIUDICE Pascal ALCARAZ Isabelle TRUCHETET Francois DUPIN Nicolas ŠMAJS David

Článek v odborném periodiku

Plos one, rok: 2018, ročník: 13, vydání: 7, DOI
Reanalysis of Chinese Treponema pallidum samples: all Chinese samples cluster with SS14-like group of syphilis-causing treponemes

STROUHAL Michal OPPELT Jan MIKALOVÁ Lenka ARORA Natasha NIESELT Kay GONZÁLEZ-CANDELAS Fernando ŠMAJS David

Článek v odborném periodiku

BMC Research Notes, rok: 2018, ročník: 11, vydání: 1, DOI
Sequence Variation of Rare Outer Membrane Protein beta-Barrel Domains in Clinical Strains Provides Insights into the Evolution of Treponema pallidum subsp. pallidum, the Syphilis Spirochete

KUMAR Sanjiv) CAIMANO Melissa J. ANAND Arvind DEY Abhishek HAWLEY Kelly L. LEDOYT Morgan E. LA VAKE Carson J. CRUZ Adriana R. RAMIREZ Lady G. PAŠTĚKOVÁ Lenka BEZSONOVA Irina ŠMAJS David SALAZAR Juan C. RADOLF Justin D.

Článek v odborném periodiku

MBIO, rok: 2018, ročník: 9, vydání: 3, DOI
Sequencing of Treponema pallidum subsp pallidum from isolate UZ1974 using Anti-Treponemal Antibodies Enrichment: First complete whole genome sequence obtained directly from human clinical material

GRILLOVÁ Linda GIACANI Lorenzo PAŠTĚKOVÁ Lenka STROUHAL Michal STRNADEL Radim MARRA Christina CENTURION-LARA Arturo POVEDA Lucy RUSSO Giancarlo ČEJKOVÁ Darina VAŠKŮ Vladimír OPPELT Jan ŠMAJS David

Článek v odborném periodiku

Plos one, rok: 2018, ročník: 13, vydání: 8, DOI

2017

Complete genome sequences of two strains of Treponema pallidum subsp. pertenue from Ghana, Africa: Identical genome sequences in samples isolated more than 7 years apart

STROUHAL Michal PAŠTĚKOVÁ Lenka HAVLÍČKOVÁ Pavla TENTI Paolo ČEJKOVÁ Darina RYCHLÍK Ivan BRUISTEN Sylvia ŠMAJS David

Článek v odborném periodiku

PLOS Neglected Tropical Diseases, rok: 2017, ročník: 11, vydání: 9, DOI
Human Treponema pallidum 11q/j isolate belongs to subsp. endemicum but contains two loci with a sequence in TP0548 and TP0488 similar to subsp. pertenue and subsp. pallidum, respectively

MIKALOVÁ Lenka STROUHAL Michal OPPELT Jan GRANGE Philippe Alain JANIER Michel BENHADDOU Nadjet DUPIN Nicolas ŠMAJS David

Článek v odborném periodiku

PLoS neglected tropical diseases, rok: 2017, ročník: 11, vydání: 3, DOI
Molecular typing of Treponema pallidum isolates from Buenos Aires, Argentina: Frequent Nichols-like isolates and low levels of macrolide resistance

VAULET Lucía Gallo GRILLOVÁ Linda MIKALOVÁ Lenka CASCO Ricardo FERMEPIN Marcelo Rodríguez PANDO María A. ŠMAJS David

Článek v odborném periodiku

Plos one, rok: 2017, ročník: 12, vydání: 2, DOI