Mým cílem je zvýšit kvalitu biomedicínského výzkumu, říká výzkumník Rudolf Wittner

Nedávno jsme na našem webu informovali o článku publikovaném v prestižním časopise Scientific Data. Jeho (spolu)autorem je náš kolega Rudolf Wittner, který nám prozradil, jaký smysl má jeho práce pro zkvalitnění biomedicínského výzkumu, ale taky třeba zajímavosti o jeho hudební kariéře.

Rudo, působíš u nás v Divizi kyberbezpečnosti a správy dat. Čemu přesně se věnuješ?

Věnuji se především výzkumu v oblasti provenance information – informacím o původu a historii objektů. V našem případě pracujeme s informacemi o výzkumných objektech z biomedicínského výzkumu, kde jde hlavně o dokumentaci biologických vzorků anebo dat. V rámci svého druhého zaměstnání zase vyvíjíme ISO standard, kde výsledky našeho výzkumu přímo aplikujeme.

Provenance information – mohl bys to rozvést?

Abych byl konkrétnější, tak cílem naší práce je zjednodušeně zvýšit spolehlivost biomedicínského výzkumu tím, že všechny relevantní procesy budou automaticky popsané pomocí „jednotné dokumentace“. Ta by měla následně výrazně zjednodušit dohledatelnost a kontrolu kvality dat a biologického materiálu a reprodukovatelnost realizovaných procesů.

„Cílem naší práce je zjednodušeně zvýšit kvalitu biomedicínského výzkumu.“

Jde o to, že zkoumané objekty jsou často předávány mezi organizacemi. Uvedu příklad – v nemocnici se odeberou biologické vzorky, které se převezou do laboratoře, kde jsou zpracované; následně mohou být uloženy v biobance. Později mohou být tyto vzorky použity na analýzu (např. soukromou firmou), jejímiž výsledky jsou data. A tato data mohou být dále zpracovávaná anebo integrovaná s daty z jiných zdrojů (např. mohou být použita jako vstup pro trénink modelu umělé inteligence).

Komplikací je, že celý tento životní cyklus zahrnuje několik organizací – a každá z nich generuje dokumentaci jen o časti životního cyklu těchto objektů. To je problematické, protože právě z důvodu fragmentace této dokumentace je relativně často nemožné původ a kvalitu zkoumaných objektů ověřit (viz například jeden z mnoha podobných případů). A právě tento problém se snažíme vyřešit.

Jakým způsobem?

Vyvíjíme datový model, který umožní tuto dokumentaci automaticky generovat, později pak z různých zdrojů integrovat a následně zpracovávat pomocí jednotného algoritmu bez ohledu na to, jaký konkrétní objekt je zdokumentovaný anebo z jakého typu zdroje daný objekt pochází. Jinými slovy se jedná o zajištění sémantické a syntaktické interoperability.

„Věřím, že je skutečně velká šance, že se nám současné problémy s reprodukovatelností výzkumu podaří aspoň částečně v některých oblastech vyřešit.“

Zároveň se snažíme adresovat další netriviální požadavky, které jsou na tuto dokumentaci kladené. Tyto požadavky souvisí s integritou dokumentace, autenticitou, nepopíratelností, jejím citlivým obsahem a řízením přístupu atd.

Nedávno jsi zaznamenal úspěch, když ti vyšel článek s názvem „Lightweight Distributed Provenance Model for Complex Real–world Environments“. Kdo z tohoto výzkumu bude těžit? A jak?

V ideálním případě by z toho měla těžit celá populace (smích). A minimálně jsem už z toho vytěžil já ve formě finanční odměny za dobré vědecké výsledky (smích).

A teď vážněji – v podstatě jde o první větší ucelený kus práce, na kterém budeme dál stavět nejbližší roky. Moje představa je, že z tohoto výzkumu bude těžit skutečně každý. Pokud se výsledky výzkumu podaří standardizovat (na čemž už pracujeme), a pokud bude daný standard akceptovaný průmyslem i akademickou sférou, tak věřím, že je skutečně velká šance, že se nám současné problémy s reprodukovatelností výzkumu podaří aspoň částečně v některých oblastech vyřešit. To by v důsledku mělo celkově zvýšit kvalitu výzkumu a ušetřit hromadu veřejných i soukromých financí. Jak ukazují například výsledky studie, jen v USA se utratí cca 28 miliard dolarů ročně na nereprodukovatelný preklinický výzkum.

Je o tobě známo, že máš zajímavý koníček – věnuješ se rapové hudbě. Jak ses k rapu dostal?

Je to zkrátka hobby. Hudbě sa věnuju prakticky od mala. Už na prvním stupni ZŠ jsem se věnoval tanci, později přešel na hru na kytaru, která se mě aktivně držela zhruba sedm let. Míval jsem soukromé hodiny klasické hry na kytaru a do toho jsem hrál několik let v punkové kapele. Později jsem přešel na rap. V současnosti mám vydané tři krátká alba (dostupné na všech streamovacích platformách, např. na Spotify), 1 mixtape a několik videoklipů. V současnosti jsem začal vydávat singly, ke kterým vydávám krátká live rap videa dostupná například na mém Instagramu a TikToku.

Čím rád trávíš čas mimo práci a hudební tvorbu?

Nedávno se mi narodily dvě dcery, takže teď se věnuji hlavně jim a manželce. Jinak jsou to kromě rapu klišé aktivity – mám rád posilování s vlastní váhou (kalisteniku), cestování (hlavně po Latinské Americe) a jídlo – rád navštěvuji různé gastropodniky v Brně.