Project information
Multidisciplinární přístup k návrhu léčiv - Inhibice proteinů s návazností na sacharidy (MADICA)

Information

This project doesn't include Institute of Computer Science. It includes Central European Institute of Technology. Official project website can be found on muni.cz.

Project Identification

LH13055

Project Period

3/2013 - 12/2015

Investor / Pogramme / Project type

Ministry of Education, Youth and Sports of the CR

KONTAKT II

MU Faculty or unit

Central European Institute of Technology

prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
Mgr. Gita Paulíková, Ph.D.

Existuje několik možných přístupů k drug designu. Velmi častou cílovou látkou jsou enzymy, ale může to být také nukleová kyselina či dokonce ribosom. Mezi nové typy léčiv patří také ta, která jsou založena na napodobení molekul sacharidů. Cílem jsou dvě skupiny proteinů uplatňujících se v infekčních a nádorových onemocněních, a to mono a oligosacharidy rozpoznávající proteiny (lektiny z patogenů) a enzymy oligosacharidy syntetizující (patogenní a lidské glykosytransferasy). Smysl a síla česko-americké spolupráce spočívá v kombinaci komplementární expertízy české strany v oblasti glykobiochemie a výpočetní chemie a americké strany v obecné oblasti návrhu léčiv.

Publications

Total number of publications: 24

2014

Differences among binding sites of AAL family lectins - High affinity vs. high specificity of sugar binding

HOUSER Josef KOMÁREK Jan CIOCI Gianluca IMBERTY Anne WIMMEROVÁ Michaela

Conference abstract

Year: 2014, type: Conference abstract
Engineering the Pseudomonas aeruginosa II lectin: designing mutants with changed affinity and specificity

KŘÍŽ Zdeněk ADAM Jan MRÁZKOVÁ Jana ZOTOS Petros CHATZIPAVLOU Thomais WIMMEROVÁ Michaela KOČA Jaroslav

Article in Periodical

Journal of Computer-Aided Molecular Design, year: 2014, volume: 28, edition: 9, DOI
Exploring the Reaction Mechanism of O-GlcNAc Transferase using QM/MM Molecular Dynamics

KUMARI Manju KOZMON Stanislav TVAROŠKA Igor KOČA Jaroslav

Conference abstract

Year: 2014, type: Conference abstract
MotiveValidator: interactive web-based validation of ligand and residue structure in biomolecular complexes

SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka JAISWAL Deepti SEHNAL David IONESCU Crina-Maria GEIDL Stanislav PRAVDA Lukáš HORSKÝ Vladimír WIMMEROVÁ Michaela KOČA Jaroslav

Article in Periodical

Nucleic Acids Research, year: 2014, volume: 42, edition: W1, DOI
MotiveValidator: software for validation of ligand and residue structures in biomolecular complexes

SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka JAISWAL Deepti SEHNAL David IONESCU Crina-Maria GEIDL Stanislav PRAVDA Lukáš HORSKÝ Vladimír WIMMEROVÁ Michaela KOČA Jaroslav

Year: 2014
QM/MM Molecular Dynamics Study of the O-GlcNAc Transferase Reaction Mechanism

KOZMON Stanislav KUMARI Manju TVAROŠKA Igor KOČA Jaroslav

Conference abstract

Year: 2014, type: Conference abstract
RSL lectin - a complex approach to study carbohydrate-protein interaction

HOUSER Josef NOVÁČEK Jiří KOMÁREK Jan BUCHTA David POKORNÝ Daniel BYSTRICKÝ Peter ŽÍDEK Lukáš WIMMEROVÁ Michaela

Conference abstract

Year: 2014, type: Conference abstract
Structural and functional characterization of Ralstonia solanacearum lectin mutant

POKORNÝ Daniel HOUSER Josef WIMMEROVÁ Michaela

Conference abstract

Year: 2014, type: Conference abstract
ValidatorDB: database of validation results for ligands and non-standard residues from the Protein Data Bank

SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka JAISWAL Deepti SEHNAL David IONESCU Crina-Maria GEIDL Stanislav PRAVDA Lukáš HORSKÝ Vladimír WIMMEROVÁ Michaela KOČA Jaroslav

Year: 2014

2013

A Soluble Fucose-Specific Lectin from Aspergillus fumigatus Conidia - Structure, Specificity and Possible Role in Fungal Pathogenicity

HOUSER Josef KOMÁREK Jan KOSTLÁNOVÁ Nikola CIOCI Gianluca VARROT Annabelle KERR Sheena LAHMANN Martina BALLOY Viviane FAHY John CHIGNARD Michel IMBERTY Anne WIMMEROVÁ Michaela

Article in Periodical

PLOS ONE, year: 2013, volume: 8, edition: 12, DOI